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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: séquences eucaryotes

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séquences eucaryotes
ClaraSophie
16 Apr 2017 18:39
Non evaluated contribution

Bonjour Madame,

Lors de la correction de cette séquence, vous nous avez interrogées sur la pertinence d’ajout de séquences eucaryotes dans notre rapport taxonomique.

Si on regarde la gamme de scores et e-values des eucaryotes, elle se rapproche fortement de la sous classe des rhizobiales qui appartient au groupe extérieur (en faisant l’arbre, les séquences eucaryotes font partie du groupe extérieur). Mais est-il possible de parler de la fusion symbiotique et donc de la transition du procaryote à l’eucaryote sachant que notre arbre ne fait intervenir que des séquences des sous classes d’alphaprotéobactérie ?

Faut-il rajouter les séquences eucaryotes dans les séquences du groupe extérieur ou simplement parler des valeurs obtenues ?

B_Wirth_17
16 Apr 2017 23:22
Game master

Bonjour,

lors du topo sur la constitution du groupe d'étude, je vous ai dit qu'il y avait deux cas particuliers, auxquels il fallait être attentif : si le 1er groupe taxonomique présenté dans le rapport taxonomique correspond i) aux alpha-proteobactéries, ou ii) aux cyanobactéries. Dans ces deux cas, parfois, vous avez un signal fort aussi dans le groupe des euK (c'est votre cas). C'est-à-dire que des seq euK (qui appartiennent donc à un domaine du vivant différent de celui des bactéries), présentent une e-value faible, plus faible que pour certains groupes taxo bactériens, que certaines autres seq bactériennes. Ceci signifie que ces seq euK, sont plus proches de ces seq d'alpha- ou de cyano-, que d'autres seq bacteriennes ne le sont de ces deux groupes. Il faut donc expliquer ce lien entre seq alpha- (ou cyano-) et seq euK : c'est une des deux theories endosymbiotiques, qu'il faut expliquer.

Dans ces deux cas particuliers, il faut ajouter ces seq euK au groupe d'etude alpha- (ou cyano-), car elles ont une origine alpha- ou cyano- selon le cas, et en prenant comme groupe externe les autres groupes bacteriens.

Dans votre cas, vous avez effectivement un signal fort chez les euK, qu'il faut donc expliquer.

Par contre, comme vous ne prenez pas les alpha- comme groupe d'etude, mais que vous vous focalisez sur un sous-groupe d'alpha-, vous n'avez pas besoin de rajouter les seq euK à votre échantillon de seq pour la reconstruction phylogénétique. Par contre, on pourrait le faire, ces seq feraient alors partie du groupe externe dans votre cas (c'est ce que vous obtenez apparemment sur votre arbre).

DONC : "Faut-il rajouter les séquences eucaryotes dans les séquences du groupe extérieur ou simplement parler des valeurs obtenues" ?

==> NON, pas besoin de refaire la phylogénie  en ajoutant des seq euk, MAIS il faut parler de ce signal fort, et expliquer son origine dans la partie analyse de votre rapport taxo, pour montrer que vous avez bien compris. Vous pouvez ajouter que vous pourriez effectivement ajouter ces seq pour la reconstruction phylogénétique, dans le groupe externe, mais pas besoin de le faire.

Bon travail

BW