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Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: E-valeur seuil

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E-valeur seuil
Alccio
10 Apr 2017 20:20
Non evaluated contribution

Bonsoir madame nous avons rencontrés un problème lors de la correction de la première séquence, L'e-valeur seuil que nous avons choisi est de e-23 et lors de la sélection des séquences homologues seulement une dizaine possèdent une e-valeur inférieur à ce seuil, quels séquences devons nous donc choisir et devons nous prendre un seuil plus grand sachant que dans la correction vous nous dites que celui ci est déjà trop élevé.

Merci de votre réponse Laure et Florent

B_Wirth_17
15 Apr 2017 15:35
Game master

Bonjour,

"L'e-valeur seuil que nous avons choisi est de e-23",  "dans la correction vous nous dites que celui ci est déjà trop élevé."

==> Oui, je me suis mal exprimée, je voulais effectivement dire "trop élevé, trop haut, dans la liste de vos résultats de blast", en d'autre terme, cette valeur de e-value est encore trop faible, il s'agit encore d'une seq homologue.

==> Le problème concernait l'incohérence entre votre sélection de séq par rapport au seuil établi. Vous avez défini que le seuil entre séq homologues et non homologues se situe à une valeur de e-23. Or, lors de la sélection des séquences, vous choisissez des séq avec une evalue > à e-23, ce qui signifie donc, que d'après vous, vous sélectionnez des séq NON homologues pour réaliser l'alignement multiple, puis la reconstruction phylogénétique. Or, le but de la phylogénie est de mettre en evidence, sur les arbres, des liens de parenté entre les séq. Or, Homologie signifie l'existence d'un lien de parenté, d'une histoire evolutive commune. On ne peut donc pas mettre en évidence des liens de parenté entre des séq NON homologues. Donc toute analyse phylogénétique doit être réalisée sur un échantillon de séq homologues, c'est un PREREQUIS de toute analyse phylogenetique !

==> Le pb ne concernait donc pas la sélection des séq en tant que telle (à moins que vous ayiez en plus une remarque claire sur le fait d'avoir sur- ou sous-représenté, ou même oublié certaines séq), mais la définition de votre evalue seuil. Il faut revoir cette evalue seuil, sa valeur est trop faible, il s'agit encore de séq homologues (même si vous avez effectivement un saut dans les valeurs de evalue, à mentionner et à expliquer). Il faut donc augmenter cette valeur de evalue seuil : regardez votre catalogue des fonctions, table 4, pour voir si vous pouvez identifier une fonction différente qui pourrait correspondre à une séq non homologue.

Si vous ne trouvez pas de fonction clairement différente, il faut se demander si vous avez bien récupéré toutes les séq similaires, ou s'il en reste dans la base de données, auquel cas, ce seuil pourrait aussi se trouver au-delà de votre dernier résultat du blast...

Bon travail

BW

 

Vincent-Marine
15 Apr 2017 15:45
Non evaluated contribution

Bonjour,

Cela n'a rien a voir avec le sujet mais comment allons nous faire pour la correction de la séquence 2 ? Nous vous avons envoyé des mails mais nous restons sans réponse de votre part.

En effet le TP du 14 avril a été déplacé brusquement, nous laissant 5J pour faire du coup la correction de la séquence 2, sachant que certain on un examen le 27 avril. De plus  nous n'avons pas compris se changement brutal et la non communication de votre part et de celle de la scolarité. Enfin lors de la correction de la séquence 1 avant de devoir la rendre nous vous avons posé des questions sur le forum qui sont rester sans réponse de votre part...

Il y a t-il un probléme? Nous somme inquiet !

Je vous remercie par avance de votre aide,
Cordialement

B_Wirth_17
15 Apr 2017 17:40
Game master

Bonjour,

j'ai effectivement été dans l'obligation de modifier la date du TP du 14 avril.

Les corrections sont en cours, vous les aurez courant de la semaine. Dès que vous les aurez, commencez à regarder les remarques afin de préparer les dernières questions pour la séance du 25 avril. Les questions pouvant également être posées par le biais du forum.

Quant aux questions restées sans réponses : il me semblait que le pb de format avait été résolu, et concernant la phylogénie, il s'agissait du même pb déjà rencontré en TP et pour la 1ere séquence. La réponse avait donc déjà été donnée en TP et était donc la même que pour la séquence N° 1.

Bon Travail,

BW

Vincent-Marine
15 Apr 2017 17:59
Non evaluated contribution

Ok merci cependant le temps impartie est vraiment trop court, vous nous laissez un peu plus d'une semaine sachant que nous avons pour certain l'examen de nutrition le 27 avril et que nous devons révisé pour celui-ci.

Les corrections de la séqunce 2 aurai du être donné bien avant afin de nous laisser le temps de faire la correction et de nous laisser cette semaine de vacance pour révisé et non pour corrigé la séquence 2. Cela nous pénalise fortement, les délais que vous nous laissez sont vraiment trop court. Et ne suivent donc pas le planing initalement prévu.

La planing inital pour la correction de la séquence 2 était déja trés court mais là c'est vraiment trés difficile.

Pouvez vous nous laissez plus de temps, nous avons les examens juste après mais il se termine le 19 mai donc pouvons nous avoir jusqu'au vendredi 26 mai  ?

Cordialement

 

B_Wirth_17
15 Apr 2017 18:31
Game master

Bonjour,

On peut éventuellement repousser un peu la date de rendu de cette dernière séquence si vous le souhaitez, comme cela a déjà été fait précédemment.

Mais la date du 26 mai me semble beaucoup trop éloignée ! Elle doit correspondre, ou pas loin, au rendu des notes à la scolarité en vue d'effectuer les jurys...

Et avec les examens, je doute qu'une autre date ne vous arrange pas plus...

Je vais me renseigner, j'y réfléchis, et je vous tiens au courant sur ce qui est possible de faire.

Quant à l'examen du 27 avril, s'agit il d'un contrôle continu, ou d'un examen terminal ?

Car je croyais qu'on n'avait plus le droit de vous faire des examens terminaux anticipés, en dehors des dates d'examens fixées par le calendrier de l'université ?

Bien cordialement,

BW

 

 

 

Vincent-Marine
15 Apr 2017 18:33
Non evaluated contribution

Ok merci,

Il s'agit d'un examen terminal avancer car la responsable ne pourra pas le faire en mai sachant qu'elle n'est pas enseignant chercheur mais chercheur, cela peut peut être expliquer l'excéption.

cordialement

Yasmine_Alexey
15 Apr 2017 18:40
Non evaluated contribution

Excusez-moi mais tous les examens de première session doivent être terminés avant 20/05/2017.