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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Re enracinement de l'arbre (issus de la matrice de distance)

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Re enracinement de l'arbre (issus de la matrice de distance)
Vincent-Marine
23 Feb 2017 10:56
Non evaluated contribution

Bonjour,

 

Phylogénie remarche ! Mais lors de la construction de l'arbre avec la matrice de distance lorsque on veut re enraciner l'arbre avec le petit logiciel présent dans les régles du jeu on est confronté a ce message d'erreur ERROR: Outgroup's LCA is tree's root - cannot reroot. Try -l.

On en avait parlé en TP mais avez vous une solution ...?

Je vous remercie par avance de votre aide

 

Cordialement,

Vincent Devilliers

 

B_Wirth_17
24 Feb 2017 15:13
Game master

Bonjour,

malheureusement, je n'ai pas encore réussi à résoudre ce souci...

Si vous êtes confrontés à ce message : "Outgroup's LCA is tree's root - cannot reroot. Try -l.", mettez-moi les deux arbres :

- l'arbre au format texte issu de TreeDyn, qui sépare bien le groupe d'étude et le groupe externe, mais sans les supports des noeuds,

- et l'arbre enraciné avec l'outil local avec les supports de noeuds.

Pour l'analyse, décrivez l'arbre au format texte issu de TreeDyn, en citant quelques supports de noeuds remarquables que vous trouverez sur l'autre arbre.

 

Bon travail,

BW

Vincent-Marine
25 Feb 2017 10:40
Non evaluated contribution

Bonjour,

Soit c'est moi qui fait qq de pas correcte soit le site http://annotathon.org/outils/nw_utils.php n'affiche plus les valeus de "boostrap" pour l'arbre issus de la matrice de distance bionj. Pour la matrice de distance je viens de vérifier pas de soucis ...

Rencontrez vous le même soucis ?

Merci d'avance de votre aide

Cordialement
Vincent D

B_Wirth_17
25 Feb 2017 15:39
Game master

Bonjour,

Non, c'est normal.

Lorsque vous faites la reconstruction phylogénétique avec la méthode PhyML (méthode de Maximum de Vraisemblance), pour tester la robustesse des noeuds et des branches de l'arbre, vous avez le choix entre le bootstrap et une méthode statistique basée sur la vraisemblance, qui est sélectionnée par défaut. Le bootstrap est long à réaliser, et vous n'obtenez pas le résultat immédiatement, il faut renseigner votre adresse mail, et vous recevrez le résultat par mail.

Les valeurs de support des noeuds que vous obtenez avec PhyML sont donc obtenus par le test statistique mentionné ci-dessus.

Avec la méthode de distance (BioNJ ou Neighbor), pour obtenir les valeurs de support des noeuds il faudrait effectuer un bootstrap (pas d'autre test statistique proposé) qu'on ne vous demande pas d'effectuer forcément. Si vous avez le temps, vous pouvez essayer de faire le bootstrap, mais sinon, vous aurez un arbre sans valeurs de support des noeuds.

Bien cordialement,

BW

Vincent-Marine
25 Feb 2017 17:24
Non evaluated contribution

Ah oki je comprend mieux

Merci de votre aide

Yasmine_Alexey
25 Feb 2017 21:49
Non evaluated contribution

Bonjour a tous.

Quelqu'un a un fichier "annotathon_phylogenie__Mode_de_compatibilit__.pdf" je ne peux pas le prendre sur " http://biologie.univ-mrs.fr/upload/p211/annotathon_phylogenie__Mode_de_compatibilit__.pdf " et en général le site biologie.univ-mrs.fr est tombé avec beaucoup de manules.

Merci d'avance.