Site undergoing maintenance! No connection possible during this time!

Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Thread subject: groupe extérieur/ étude

[ Return to forums ]
groupe extérieur/ étude
estana
28 Oct 2016 15:07
Non evaluated contribution

Bonjour,

au vu des résultats de taxt list, nous ne savons pas quoi choisir comme groupe d'étude et groupe extérieur car toutes les valeurs d'e-value sont semblable

pouvez-vous nous aider ?

merci

P_Hingamp_BC16
4 Nov 2016 10:31
Game master

Bonjour,

En l'état du Tax Report c'est en effet délicat. Sauf que je suspecte que le Tax Report est tronqué! Votre BLAST semble comporter 5000 hits, alors que le Tax Report n'en présente à peine un millier... Auriez-vous oublié de changer la valeur "Number of BLAST hits to process" de 1000 à 5000 lors de la prodution du TaxReport? Car dans ce cas vous verrez que vous obtiendrez quelque chose dans le style suivant qui change beaucoup le paysage des homologues:

Classification nb lines nb hits min E-value max E-value
Bacteria: 12 21 8e-31 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales 226 392 4e-29 3e-15
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhizobiales 521 1025 8e-29 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales 219 379 5e-26 2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales 76 122 2e-25 4e-10
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria 17 29 1e-23 1e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Caulobacterales 43 76 2e-23 2e-15
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rickettsiales 19 31 2e-22 3e-10
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kordiimonadales 3 4 4e-22 4e-19
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sneathiellales 1 1 2e-21 2e-21
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kiloniellales 3 5 5e-17 7e-16
Bacteria:Proteobacteria 2 4 2e-23 2e-11
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Nitrosomonadales 3 4 2e-16 4e-11
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Oceanospirillales 83 126 3e-16 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Epsilonproteobacteria 3 4 1e-15 1e-10
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales 42 56 1e-15 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Pseudomonadales 546 1485 1e-15 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfobacterales 14 14 9e-15 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales 140 262 2e-14 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Salinisphaerales 1 1 2e-14 2e-14
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Burkholderiales 157 346 3e-14 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria 9 11 3e-14 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Methylococcales 17 53 4e-14 2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Xanthomonadales 95 265 4e-14 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Epsilonproteobacteria:Campylobacterales 52 175 8e-14 3e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria 25 40 1e-13 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Legionellales 16 38 7e-13 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Thiotrichales 17 30 2e-12 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Methylophilales 11 17 5e-12 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Aeromonadales 8 8 5e-12 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Cardiobacteriales 2 5 6e-12 1e-11
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Gallionellales 3 3 2e-11 9e-10
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Syntrophobacterales 4 4 1e-11 2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Acidithiobacillales 5 18 1e-11 2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Neisseriales 39 68 2e-11 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Enterobacteriales 5 25 2e-11 3e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Rhodocyclales 10 16 2e-11 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria 3 5 6e-11 5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Vibrionales 4 7 1e-10 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Hydrogenophilales 3 4 4e-10 6e-10
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfovibrionales 2 2 5e-10 7e-10
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfuromonadales 1 1 4e-09 4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfurellales 2 2 4e-09 5e-09
Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales 71 152 4e-23 3e-10
Bacteria:Bacteroidetes:Bacteroidia:Bacteroidales 184 338 1e-20 3e-12
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Actinomycetales 3 3 7e-19 2e-09
Bacteria:Firmicutes:Erysipelotrichi:Erysipelotrichales 1 1 3e-18 3e-18
Bacteria:Bacteroidetes:Sphingobacteriia:Sphingobacteriales 26 42 3e-18 5e-09
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales 5 8 8e-18 5e-09
Bacteria:Chlorobi:Chlorobia:Chlorobiales 9 13 8e-18 9e-10
Bacteria:Spirochaetes:Spirochaetia:Spirochaetales 11 24 1e-16 2e-10
Bacteria:Thermodesulfobacteria:Thermodesulfobacteria:Thermodesulfobacteriales 1 1 2e-15 2e-15
Bacteria:Chlorobi:Ignavibacteria:Ignavibacteriales 1 1 3e-15 3e-15
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Clostridiales 12 27 5e-15 5e-09
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriales 2 2 7e-15 5e-14
Bacteria:Fusobacteria:Fusobacteriales 3 3 8e-15 2e-12
Bacteria:Nitrospirae:Nitrospira:Nitrospirales 9 14 8e-14 2e-11
Bacteria:Bacteroidetes 4 5 8e-14 6e-13
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales 3 4 3e-13 3e-09
Bacteria:Thermotogae:Thermotogae:Thermotogales 1 1 5e-12 5e-12
Bacteria:Cyanobacteria:Oscillatoriales 16 24 1e-11 5e-09
Bacteria:Firmicutes:Bacilli:Bacillales 8 20 2e-11 3e-09
Bacteria:Chlorobi 1 1 1e-11 1e-11
Bacteria:Tenericutes:Mollicutes:Acholeplasmatales 1 2 2e-11 2e-11
Bacteria:Cyanobacteria:Prochlorales 5 10 5e-11 5e-09
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Coriobacteriales 1 2 8e-11 8e-11
Bacteria:Acidobacteria 1 2 8e-11 8e-11
Bacteria:Cyanobacteria:Chroococcales 49 85 1e-10 5e-09
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales 3 3 1e-10 2e-09
Bacteria:Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae:Verrucomicrobiales 4 4 1e-10 3e-09
Bacteria:Armatimonadetes:Chthonomonadetes:Chthonomonadales 2 10 1e-10 2e-09
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Thermoanaerobacterales 7 10 3e-10 5e-09
Bacteria:Firmicutes:Negativicutes:Selenomonadales 2 2 3e-10 8e-10
Bacteria:Cyanobacteria:Gloeobacteria:Gloeobacterales 3 5 7e-10 2e-09
Bacteria:Verrucomicrobia:Spartobacteria 1 1 1e-09 1e-09
Bacteria:Cyanobacteria:Stigonemataceae 1 1 2e-09 2e-09
Bacteria:Cyanobacteria 1 1 3e-09 3e-09
Eukaryota:Streptophyta:Caryophyllales 2 2 1e-23 6e-22
Eukaryota:Porifera:Demospongiae:Haplosclerida 1 1 9e-13 9e-13
Eukaryota:Ascomycota 1 1 5e-09 5e-09
Eukaryota:Ascomycota:Dothideomycetes:Pleosporales 1 2 5e-09 5e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Desulfurococcales 14 16 5e-13 2e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Sulfolobales 9 18 2e-11 5e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Thermoproteales 5 5 6e-11 4e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Fervidicoccales 1 1 1e-09 1e-09
Archaea:Crenarchaeota 3 4 4e-10 9e-10
Archaea:Thaumarchaeota 5 8 9e-13 4e-09
Archaea: 1 2 1e-12 1e-12
Archaea:Thaumarchaeota:Nitrosopumilales 6 7 2e-12 5e-09
Archaea:Euryarchaeota 2 2 4e-12 7e-10
Archaea:Euryarchaeota:Methanomicrobia:Methanomicrobiales 1 1 5e-10 5e-10
Archaea:Euryarchaeota:Thermococci:Thermococcales 2 3 1e-09 3e-09