Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Difficultés rencontrées lors du processus (Blast)

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Difficultés rencontrées lors du processus (Blast)
nisa
17 Mar 2007 18:46
Contribution non évaluée
comment procéder au remplissage des cases pour effectuer le Blast ;et quelle banque faut il utiliser ?
Brochier_B07
17 Mar 2007 19:02
Maître de jeu
Bonsoir,

Avant de répondre à votre question permettez moi d'exprimer ma surprise car :
- ce point a été détaillé abondamment en cours
- des explications figurent dans les règles du jeu (classiques)

Je vous invite donc à relire vos notes (ou celle de votre binôme) ou à vous reporter aux règles du jeu.

Cordialement,

Céline Brochier


Hingamp_B07
17 Mar 2007 19:07
Maître de jeu
Sur le site du NCBI choisir BLASTp, copiez votre séquence protéique dans la case "Search", choisissez NR ou SWISSPROT, puis cliquez "Blast".
Sur la page suivante, cliquez sur "Format" jusqu'à ce que vos résultats soient affichés.
Commencez par un BLAST contre SWISSPROT (pour profiter des annotations fonctionnelles des homologues), mais pensez à faire contre NR pour un meilleur choix de séquences pour l'alignement multiple.
nisa
18 Mar 2007 8:47
Contribution non évaluée
Bonjour,
on vous remercie de nous avoir répondu,on avait utilisé infobiogène au lieu de
NCBI.