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Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Thread subject: Problème d'alignement avec les choix des groupes

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Problème d'alignement avec les choix des groupes
ELPO
4 Dec 2014 8:40
Contribution: Pertinent
Bonjour,

Lors de la première correction l'on m'a informé que mon choix de groupe d'étude n'était pas complet et qu'il fallait que je prenne en plus des alphaprotéobactéries les eucaryotes car il existe un lien entre ces deux. Or quand je réalise les alignements multiples, en ayant essayé de représenter au mieux toutes les populations, mes alignements multiples ne sont pas beaux.
Dois-je changer mes groupes ?
P_Hingamp14
8 Dec 2014 19:23
Game master
Bonsoir,

J'imagine que vous avez deviné pourquoi ces séquences eukaryotes font en quelque sorte partie du groupe d'étude des alphaprotéobactéries?..

Pour ce qui est de l'alignement multiple, je viens de jeter un coup d'oeil: il y a en effet quelques séquences d'eukaryotes qui causent du tort à l'alignement (notamment les 4 tronquées en N-ter qui vous font perdre de précieuses positions conservées, plus quelques eukaryotes qui introduisent quelques très longs gaps ce qui est potentiellement moins grave mais à tester sans pour voir). Mais sincèrement les séquences qui me semblent plus poser problème sont des séquences du groupe extérieur, les ~17 séquences du bas de l'alignement! Celles-ci "abiment" votre alignement bien plus gravement que certaines séquences eukaryotes... D'ailleurs je me demande si ce n'est pas ce que vous avez ajuster dans le deuxième jeu d'alignement multiples, où l'on voit bien le gain considérable que vous pouvez faire en écartant qualques un de ces homologues bactériens trop distants!