Je rencontre un problème pour déterminer mon groupe d'étude et mon groupe externe car dans le taxrepport mon E-Value le plus élevé est de 1e-78 et montre une protéobactéries mais dans la suite de la liste il y a des firmicutes des d'autres bactéries qui possèdent des E-Value commencant à 1e-72 et à la suite encore j'ai des eucaryote (5) et des archéo (24) qui ont pareil des E-Value de 1e-62 et 1e-61.

Pouvez-vous m'aider ?

Un cas assez rare d'un gène qui semble réellement ubiquitaire à travers tous le règne cellulaire, mais malgré l'ancienneté du dernier ancêtre commun, semble encore très bien conservé! Du coup en effet vu les E-value très proches entre les différents phylums bactériens, il n'est pas vraiment possible de choisir autre chose que les bactéries comme groupe d'étude. Du coup, pour le groupe externe il reste les eukaryotes ou les archaea. Vu le faible nombre de séquences eukaryotes et le risque des HGT suite aux endosymbioses spécifique aux eukaryotes comme groupe ext des bactéries, il semble préférable de choisir les archaea comme groupe extérieur? D'après l'article suivant, la figure 1 semble suggérer que dans tous les cas de figure l'enolase d'archae peut servir à enraciner un arbre d'enolase de bactéries:
http://www.hedgeslab.org/pubs/121.pdf