sophmon
16 Mar 2007 15:54
Non evaluated contribution |
bonsoir monsieur , on voudrait savoir comment faire l'alignement multiple entre notre sequence initiale et les sequences de nos groupes d'etudes ,
merci de votre reponse
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Brochier_B07
16 Mar 2007 16:12
Game master |
Bonjour,
Il faut prendre vos séquences (votre d'intérêt + séquences du groupe d'étude + séquences du groupe extérieur) au format fasta.
Copiez-les dans un éditeur de texte.
Changez les identifiants comme expliqué en TD (identifiants uniques, moins de 10 caractères sans compter le >, du style première lettre du nom de genre suivit des lettres du nom de l'espèce, ex. >Ecoli ou >Ecoli1 si vous avez plusieurs séquences d'Escherichia coli)
Allez sur le lien infobiogen (miroir) cherchez clustalw (au niveau des liens alignement multiples)
Copiez/collez les séquences dans le cadre prévu à cet effet (ne rien mettre dans le cadre 2)
Précisez les options: type de séquences à aligner (nucléotidiques ou protéiques) et format de sortie (clustal pour avoir l'alignement multiple au bon format; phylip pour lancer les analyses phylogénétiques par la suite).
Cordialement,
Céline Brochier
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