Bonjour,

Ce message fait suite à celui Archées contre Bactéries.

Après une étude de l'homologue Methanococcus qui fait partie du groupe des Archées, dont le score 182 est la E-value sont très importants et le classent comme homologue à notre séquence protéique. L'alignement obtenu était très satisfaisant, grâce à InterProScan nous analysons cette séquence d'Archée et trouvons qu'elle présente les mêmes domaines protéques des inhibiteurs de type BaxI-1, qui est celui trouvé pour notre séquence.

On réalise un blastp sur sa séquence en excluant les Archées, et on trouve que les Methanoccus sont très proches des bactéries, que ce soit au niveau de l'alignement ou du rapport taxonomique, on peut ainsi émettre l'hypothèse que nous avons une séquence d'archées d'origine bactérienne (venant du fait que probalement des archées ont acquis par transfert de gènes des séquences à partir de bactéries).

Pour définir les groupes pour le rapport taxonomiques, il y avait trop peu d'Archées associés à la séquence. On a donc pris pour le groupe d'études des protéobactéries, et pour le groupe extérieur on a sélectionné des bactéries surtout parmi les High GC Gram+ et les firmicutes (le groupe extérieur pouvait inclure toutes les bactéries),de plus on a pris cette fameuse séquence de Methanococcus qui tout de même devait être prise en compte d'une façon ou d'une autre.
Les résultats obtenus pour l'arbre phylogénétique montrent clairement que la séquence étudiée est le plus apparentée à l'archée, la distinction entre groupe d'étude et groupe extérieur n'est pas très marquée. On se demande si un biais aurait pu être introduit en ajoutant cette séquence à l'analyse.

Merci pour vos réponses,
Team Nanaïs .

Bonjour,

Je n'ai pas bien compris votre message car il y a un certain nombre de points qui semble contradictoires.
Ex. "On réalise un blastp sur sa séquence en excluant les Archées, et on trouve que les Methanoccus sont très proches des bactéries"
Comment pouvez vous retrouver Methanococcus si vous excluez les archées? Je ne comprends ce que vous cherchiez à faire.

En ce qui concerne les autres points.

Vous avez eu raison d'inclure une séquence de Methanococcus, mais il aurait été plus pertinent d'inclure quelques séquences représentant ce genre (mais qui ne sont pas de la même espèce).

Pour la sélection de séquences représentant le groupe extérieur, vous devez essayer de choisir une représentation équilibrée des différents groupes bactériens non Proteobacterien.

Par contre, il faut que vous fassiez attention aux points suivants (et que vous essayez de trouver des explications biologiques):
- Pourquoi vous n'avez pas d'homologues (ou très peu) chez les protéobactéries non gammaprotéobactéries. Alors que ce phylum est très bien représenté dans les bases de données et au niveau des projets de séquençage de génomes complets.
- Même question pour les bactéries non protéobactéries. Comment expliquez vous que seuls les firmicutes soient bien représentés alors que vous avez d'autres groupes bactériens très bien représentés dans les banques de données et dans les génomes complètement séquencés.

Bonne continuation

Céline Brochier