Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Déterminer le score seuil d'homologie

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Déterminer le score seuil d'homologie
gp1DRET
18 Mar 2011 23:36
Contribution non évaluée
Bonjour,

  J'  ai un problème pour déterminer le score seuil d'homologie  car je n'ai pas de saut des E-Value.
De ce fait, j'ai regardé l’alignement 2 à 2, et là, je rencontre une difficulté :
    Pour les meilleurs scores, de 376 à 196 bits j’ai un alignement sur « toute » la longueur de ma séquence requête alors qu’en dessous de ce score, l’alignement ce fait seulement sur une partie de mon ORF. Mis à part ca,  bien après ce score, j’ obtient des séquences possédant les différents critères  d’homologies  dont la présence de motif conservé.  A partir de 41.6, présence de séquences homologues et non homologues.

DRET Jennifer

  Où dois-je placer mon score seuil d’homologie ?
C_Brochier_11
5 Apr 2011 20:41
Maître de jeu
Bonjour,

Je pense que vous avez déjà la réponse à votre question.

Bien cordialement,

Céline Brochier