Bonjour,

Ma question porte sur l'ORF trouvé après l'annalyse: b)SMS ORFinder / sens indirect / cadres 1, 2 & 3 / min 60 AA / initiation 'any codon' / code génétique 'universel'. Il s'agit de l'ORF présent dans le cadre de lecture 1 d'une longueur de 660 bases (1ère annalyse)

Je rencontre un problème car dans la grille d'évaluation, il est dit qu'un ORF "any codon" débutant à plus de 3pb de l'extrémité ne peut pas être incomplet en 5' (car codon stop en amont) et de ce fait idem pour 3' (codon stop en aval). Cependant, lorsque je fait la traduction de l'ORF qui commence à la base 250, je n'est ni la Méthionine, ni le codon stop. Ce qui signifie pour moi que mon ORF est incomplet en 5' et 3' c'est pourquoi je ne comprend pas ce qui est mentionné dans la grille d'évaluation.

Merci
Renée et Jennifer

Bonjour,
Vous avez mal / pas assez lu la grille de notation.
Il est en effet précisé qu'un ORF "any codon" débutant à plus de trois paires de bases ne peut pas être incomplet en 5' mais il n'est rien écrit à propos de l'extrémité 3'. Vous avez fait une relation entre 5' et 3' qui n'a pas lieu d'être.

De plus ne vous étonnez pas que votre ORF ne commence pas par une méthionine puisque vous avez fait une recherche ANY CODON ! (Cf ligne juste au dessus dans la grille de notation).

Bonne continuation