Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: [ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP

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[ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP
BrothTeam
4 Feb 2011 17:23
Contribution non évaluée
Re,

Pour le numéro de la dernière base avant le codon stop, j'ai mis 952 vu que l'ORF s'arrête à la position 955.

Et il me dit [ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP

--> ??

>GOS_2035030 Translation [230-952   direct strand]
MRITIELKKNVNSDLVISDLYKKTSLQTNFGAIFLALIDGKPVQLSLKEYLKQFLEFREITVLKRTKHFLELTEEKLEILQGFALAVKNIKRIIEIVQNS
ENTIEAKSSLEQKLNLTSKQSNAVLSMPIKKLTNLERIQIDQNIIDLKVKKESLSKILNERTVLLNILEEELKSLKDKYNTKRSTKIVKNINIDDENKVI
NKQILNELINNKAKISIDNKFNIKNLLINNYKKLIENDNKL

[ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP
E_Meglecz_11
4 Feb 2011 17:57
Maître de jeu
Êtes-vous certain, que vous avez un codon STOP à la fin de votre ORF?
ORFfinder indique le dernier codon de votre séquence s'il ne trouve pas de codon STOP. Regardez la traduction de votre ORF pour trancher.

Par ailleurs, si annotathon vous donne un message en vert, c’est seulement à titre indicatif. Par contre, si c’est rouge, vous avez sûrement fait une erreur.
  
BrothTeam
5 Feb 2011 6:16
Contribution non évaluée
Et est-ce que pour le moment je dois ne rien mettre dans la case "position of last nucleotide before STOP codon" du coup?
BrothTeam
5 Feb 2011 6:16
Contribution non évaluée
Et est-ce que pour le moment je dois ne rien mettre dans la case \"position of last nucleotide before STOP codon\" du coup?
C_Brochier_11
5 Feb 2011 9:29
Maître de jeu
Bonjour,

Vous devez réfléchir et suivre le conseil de ma collègue. Comparez votre séquence nucléique avec votre séquence protéique, regardez bien la fin de vos séquences et vous trouverez.

Céline Brochier
BrothTeam
5 Feb 2011 10:20
Contribution non évaluée
J'ai déterminé que le codon stop est "après" (en 3') de ma séquence. Voila pourquoi j'ai supposé qu'il fallait que je fasse ça.
Je ne suis pas sur la bonne voie?
C_Brochier_11
5 Feb 2011 10:26
Maître de jeu
Re,

- Quelle est la position des nucléotides qui codent pour le K et le L qui occupent la dernière position de votre séquence protéique? Comparez ces informations avec celles que vous avez introduites dans l'annotathon.

- Quel est le codon suivant celui qui code pour le L. Regardez la position des nucléotides et ce pour quoi code ce codon.

Céline Brochier
BrothTeam
5 Feb 2011 10:46
Contribution non évaluée
- de 946 à 952. J'ai comparé: c'est la même chose...

- ATT -> Ile... (je ne prends pas l'autre brin en compte)
  position: 953, 954, 955...

Ca ne change pas mon hypothèse...  ':/

BrothTeam
5 Feb 2011 11:54
Contribution non évaluée
Merci pour votre aide en tout cas

Sinon il n'y a que moi qui poste ou quoi là? Vous écrivez par mail les autres?
marlclem
5 Feb 2011 11:59
Contribution non évaluée
Bonjour,

voici notre séquence:  GOS_2034010.15

Nous sélectionnons l'ORF présente sur le brin indirect du cadre de lecture n°3 allant du nucléotide 564 et incomplète en 3'. De plus, en comparant la séquence nucléotidique à la séquence protéique nous constatons que l'ORF débute par ATG (START), or lors de l'enregistrement des données l'annotathon nous indique que notre ORF ne commence pas par une méthionine. Pouvez-vous nous orienter pour que l'on puisse savoir si notre ORF est bonne ?
E_Meglecz_11
7 Feb 2011 11:31
Maître de jeu
Bonjour,

Avez-vous coché la case 'sens indirect' en mettant les coordonnées de votre ORF?
SI le problème ne vient de là, re-poser la question à partir de votre séquence, que je puisse regarder votre cas de plus près.

Cordialement,

Emese Meglecz
marlclem
7 Feb 2011 16:43
Contribution non évaluée
Oui nous avons bien coché la case sens indirect.
Nous avons également noté la position du premier nucléotide qui est 564.
Ors en dessous en rouge l'annotathon inscrit         "Fin ORF doit être un entier compris entre 564 et 989" et nous ne comprenons pas pourquoi car notre ORF est bien incomplète en 3'.
Merci
E_Meglecz_11
10 Feb 2011 14:17
Maître de jeu
Bonjour,

Je ne peux pas voir votre annotation si vous ne postez pas la question à partir de votre séquence. Sans voir de votre séquence/annotation je ne peux pas vous aider.

Emese Meglecz
marlclem
11 Feb 2011 8:22
Contribution non évaluée
Oui nous avons noté la référence de notre séquence au dessus :   GOS_2034010.15
C_Brochier_11
11 Feb 2011 8:45
Maître de jeu
Bonjour,

Même si votre ORF est incomplet, vous devez impérativement renseigner les cases début et fin d'ORF. Si votre ORF est incomplet pour l'une ou l'autre de ses extrémités (ou les deux), il faut quand même indiquer le numéro du premier ou dernier nucléotide. Ce ne sera pas réellement le premier ou dernier nucléotide de l'ORF mais cela indiquera au programme que tous les nucléotides compris dans cet intervalle font partie de votre ORF.

Cordialement

Céline Brochier
E_Meglecz_11
11 Feb 2011 8:46
Maître de jeu
Bonjour,

Vous n'avez pas rempli la case de dernière position de dernière codon sur votre ORF. Même, si se codon n'est pas suivi par un codon STOP (car la séquence n'est pas assez longue) il faut remplir cette case.

Emese Meglecz