FannyFlo
17 Dec 2010 9:58
Non evaluated contribution |
Bonjour,
nous avions fixés notre e-value à 1E-10. Cependant, nous avons constitué :
- un groupe d'étude (les cyanobactéries) avec une e-value inférieure à 1E-80
- et un groupe d'extérieur (bactéries autres que les cyanobactéries) avec une e-value supérieur à 1E-49 donc très inférieur à e-value seuil fixé.
Cependant, même si le groupe extérieur constitue des homologues assez proches, ils n'appartiennent pas à la même division au sein des bactéries que le groupe d'étude et apparaissent dans un sous-arbre séparé de celui des cyanobactéries.
On nous demande de discuter des scores de notre groupe extérieur. Ces justifications sont elles suffisantes pour ne pas avoir respecté la valeur seuil d'e-value fixée ou est il nécessaire de reconstituer une groupe extérieur ? |
LEme_10
17 Dec 2010 10:35
Game master |
De façon générale, quand on vous demande de discuter des scores du groupe extérieur, on vous demande de regarder si ceux-ci sont nettement inférieurs (ou non) à ceux du groupe d'étude. En résumé, justifiez que le groupe extérieur est - a priori - "réellement extérieur".
Par ailleurs, lorsque vous choisissez des séquences pour le groupe extérieur, vous devez prendre des homologues qui sont représentatifs de la diversité des scores qui existent au sein de ce groupe.
Dans votre cas, le score le plus élevé que vous avez choisi pour représenter votre groupe extérieur (Leptospira borgpetersenii, avec un score de 196) est très très inférieur aux meilleurs scores que vous trouvez en réalité au sein de ce groupe (Candidatus Desulforudis audaxviator, avec un score de 302).
Cela risque de biaiser la topologie de l'arbre, car vous prenez d'emblée des homologues avec des scores très clairement inférieurs à ceux de votre groupe d'étude.
Il est quasiment évident que le groupe extérieur et le groupe d'étude ne seront pas mélangés, et vous ne pourrez pas voir si le choix de votre groupe d'étude était réellement pertinent ou non. En quelque sorte, vous "évitez" le problème.
Il faut que vous preniez des séquences dont les score sont "répartis" et représentent toute la diversité de votre groupe extérieur.
En espérant que cela soit compréhensible,
Bonne annotation! |