Bonsoir,
mes deux blastp contre nr et SW ne donne aucun resultat, je fais un blast sur environnemental ou je trouve de nombreux homologue en metagenome marine ou il n'y a aucune fonction repertoriée, je voulais savoir comment dois-je continuer mon annotations car je n'es pas de resultat en lineage report, dois-je faire un groupe d'etude pour l'arbre? c'est la premiere fois que je suis confronté à ce type de resultat et je ne sais donc pas vraiment comment poursuivre mon annotation. cordialement

Bonjour,

Tout d'abord, je vous invite à parcourir le forum où de nombreuses questions sur la banque environnementale et comment travailler avec ces résultats ont été posées et ont obtenue des réponses.

La banque environnementale est une banque dans laquelle sont référencés des séquences issues d'étude métagénomiques, comme la votre.
L'origine taxonomique de ces séquences sont donc par définition inconnue et la plupart du temps, leur annotations est faite automatiquement.
Néanmoins, certaines informations sur ces séquences sont référencées dans leurs fiches Genbank et vous pouvez les utiliser pour votre analyse.

Pour vous répondre, vous pouvez donc continuez votre analyse comme d'habitude. Vous aurez simplement peu d'information sur la fonction des homologues et pas d'information sur l'origine taxonomique de votre séquence, mais d'autres informations peuvent être utilisées.


Bonne annotation.

C. Petitjean