Boujour,
Nous aimerions savoir ce que vous voulez dire par:
    "informations sur la reconstruction phylogénétique"
et  "distribution des HSP sur la séquence query"  ?

Merci d'avance, cordialement,
le binôme Giraudaguerre.

Bonjour,
- 'informations sur la reconstruction phylogénétique' <= de la qualité de votre alignement multiple va dépendre la qualité de votre reconstruction phylogénétique. Si vous avez un alignement médiocre, le degrès de confiance vous ne pourrez accorder trop de confiance à votre arbre. Si au contraire vous avez un très bon alignement multiple (beaucoup de résidus conservés) vous allez pouvoir faire confiance à votre arbre phylogénétique.
- 'distribution des HSP sur la séquence query' <= sur quelle région de votre séquence query, les séquences homologues détectées par blast s'alignent-elles et réciproquement, comment s'aligne la séquence query par rapport aux séquences subject. Si l'alignement se fait sur toute la longueur du query et des subjects, ce n'est pas la même chose que si vous avez un alignement sur une région seulement.
Très cordialement,
Céline Brochier