Bonjour,
J'ai effectué un blastp contre NR; j'ai obtenu 13 résultats.
Sur ces 13 résultats, 9 séquences sont homologues à la mienne... mais ces homologues sont tous des : "Prochlorococcus marinus".
Du coup, j'aimerais savoir si je dois faire les alignements multiples et l'arbre (vu qu'il s'agit de la même espèce) ?
Merci par avance.

Bonjour,

Tout d'abord, vous avez des séquences protéiques homologues à la votre,  pourquoi ne pourriez vous pas faire un arbre?

D'autre part, plusieurs souches différentes de prochlorococcus sont séquencées. Dans ce cas, si votre séquence est bien un prochlorococcus, vous travaillerez à l'échelle de l'espèce.

Enfin, avez vous essayer de chercher d'autres homologues? (sur une autre banque par exemple?)

C. Petitjean

D'accord, merci.
Oui j'ai essayé sur la banque environnementale... (je n'ai jamais eu à l'utiliser auparavant, je ne sais pas s'il faut préférer celle-ci à NR.)
J'ai obtenu 25 homologues.

Du coup, est-ce que je travaille avec les 9 homologues obtenus grâce à NR, ou plutôt avec ceux obtenus grâce à la banque envir. ?

Bonjour,

La banque environnementale ne contient pas les mêmes séquences que la NR.
C'est une banque contenant des séquences issues d'études métagénomiques de même sorte que celle dont est issue votre séquence. (d'ailleurs vous devez probablement retrouver votre séquence)
On ne connait donc pas l'origine taxonomique de ces séquences. Mais elles peuvent néanmoins vous apporter des informations intéressantes.

Vous avez un ensemble de séquence protéique homologues à la votre, pourquoi voulez vous privilégier les resultats issues de la NR ou de la banque environnementale?

C. Petitjean

Je croyais qu'il fallait utiliser les résultats de NR pour les alignements multiples et l'arbre...

Mais je ne suis pas sûre d'avoir compris...
Cela veut-il dire que je dois faire la suite (alignements multiples et arbre) avec les  résultats des DEUX banques ??

Bonjour,

On vous conseille d'utiliser les resultats de NR, car en général ils sont suffisant pour que vous puissiez identifié un taxon à votre séquence.
Dans votre cas, vous avez peu d'homologues sur la NR, par contre vous trouvez des homologues sur une autre banque.
Quel serait l'avantage d'ignorer ces resultats?

Et est ce que le fait d'utiliser les resultats issus des deux banques vous pose un problème?

Il faut bien que vous compreniez que vous effectuez un travail de recherche.
On vous indique un protocole général, qui dans la majorité des cas se révèle efficace.
Mais dans certains cas, le protocole n'est pas adapté. Vous devez donc expliquer pourquoi et trouver un "parade", une autre piste... Dans votre cas, la NR ne semble pas contenir tout les homologues de votre séquence, et peut être pas les homologues issus des organismes les plus proches évolutivement. Par contre, les resultats NR peuvent vous donner des indications que vous n'aurez pas avec la banque environnementale.

Dans tout les cas, vous pouvez faire ce que vous voulez, mais JUSTIFIEZ vos choix.

C. Petitjean

D'accord... merci beaucoup pour ces explications ! Ca devrait aller !

Maintenant, faites bien attention à votre interprétation d'arbre (racine, monophylie des groupes ou non...)!

Bonne annotation.

C. Petitjean

Bonjour
je viens de réaliser les blast p contre nr swissprot et environnementale seulement je n'ai aucun homologues cependant dans le blast x il semblerait que j'ai 2 homologue avec un score de 68 et 57 et des e-value de 1e-09 et 2e-06 puis les résultats ne semblent plus être homologues. Que dois je en conclure . Comment puis dire qu'il existe une autre ORF codant ?  comment le détecter
Merci

Bonjour,

Si vous detecter des homologues à votre séquence par un blastX il est possible que ce ne soit pas avec votre ORF, mais avec une autre partie ou un autre cadre de lecture de votre séquence.
Vous devez alors analyser le resultats de votre blastx pour répondre au questions que vous posez.


Bonne annotation.

C. Petitjean