NOUS AVONS FAIT PLUSIEURS ARBRES AFIN DE CIBLER DE PLUS EN PLUS LA SEQUENCE D'ÉTUDE:

-PREMIÉREMENT GRPE D'ETUDE:ENSEMBLES DES BACTÉRIES
              GRPE EXT    :GRAM+
NOUS AVONS VU QUE LA SÉQUENCE ETAIT ELOIGNÉ DES GPES CHOISIS MAIS PROCHE DES A-PROTÉO
(LE GPE EXT ÉTAIT BIEN ISOLÉ)

-DEUXIÈMEMENT GRPE D'ÉTUDE :PROTÉO
              GRPE EXT     :GRAM+
LE RÉSULTAT NÉTAIT PAS CONVAINCANT CAR LA SÉQUENCE ÉTAIT PROCHE QUE D'UNE SEULE A-PROTÉO

-NOUS AVONS LE MEME RÉSULTAT QUE PRÉCÉDEMENT LORSQUE NOUS CHOISISSONS DES A-PROTÉO EN MAJORITÉ

DANS TOUS LES CAS ON N'ARRIVE PAS À ENCRER LA SÉQUENCE DANS UN GRPE D'ÉTUDE.

Bonjour,
Je viens de regarder votre lot et je n'ai vu qu'un seul alignement multiple et les arbres correspondants. Il est donc très difficile de suivre toutes vos explications.
Cependant je peux essayer de vous répondre.

-PREMIÉREMENT GRPE D'ETUDE:ENSEMBLES DES BACTÉRIES
              GRPE EXT    :GRAM+
=> Ceci est tout à fait surprenant, étant donné que les gram positives (Firmicutes ou actinobactéries??? ce sont des gram positives mais qui n'ont rien à voir les unes avec les autres) sont des bactéries. Il est donc peu logique de choisir comme groupe d'étude l'ensemble des bactéries et comme groupe extérieur un groupe bactérien...

NOUS AVONS VU QUE LA SÉQUENCE ETAIT ELOIGNÉ DES GPES CHOISIS MAIS PROCHE DES A-PROTÉO
(LE GPE EXT ÉTAIT BIEN ISOLÉ)

-DEUXIÈMEMENT GRPE D'ÉTUDE :PROTÉO
              GRPE EXT     :GRAM+
LE RÉSULTAT NÉTAIT PAS CONVAINCANT CAR LA SÉQUENCE ÉTAIT PROCHE QUE D'UNE SEULE A-PROTÉO

=> Que voulez-vous dire ? Est-ce que votre séquence émerge au sein des protéo et à côté d'une alpha ?
Si votre groupe d'étude ici est les protéobactéries dans leur essemble (cad alpha, beta, gamma, delta et epsilon). Je ne vois donc pas le problème si votre séquence est à coté du'ne alpha.
En revanche, si toutes vos alpha ne sont pas regroupées dans l'arbre, alors il faut trouver une explication.

Cordialement,
Céline Brochier