Notre ORF est codant. La recherche avec interpro nous donne un domaine protéique connu.

* Lorsque l'on réalise le BLASTp contre NR nous trouvons 6 homologues.
* Le BLASTp contre SWISSPROT ne nous donne aucun homologue.
* Le tBLASTn nous retrouve les meme homologues qu'avec le BLASTp contre NR

Nous avons donc réalisé un BLASTp contre env_NR car nous avons peu d'homologues et celui-ci nous a trouvé un nombre trés élevé d'homologues appartenant au groupe des [marine métagénome].

Devons nous les inclure dans notre analyse phylogénique, et si oui, quelles informations peuvent-ils nous fournir car ce sont toutes des hypotetical proteins ?

Bonjour,

Comme je l'ai déjà précisé dans la discussion "blast" du même sous forum, la banque environnementale contient des séquences issues de donnée métagénomiques, donc leur origine taxonomique n'est pas connue.

Si vous trouvez des homologues à votre séquences dans cette banque, et peu dans la NR vous devez les utiliser pour travailler.
Vous aurez peu d'informations finales sur l'origine taxonomique et sur la fonction possible de votre séquence, mais vous pouvez utiliser les informations contenues dans les fiches GENBANK de ces séquences environnementales.

Dans la mesure où vous trouvez quelques homologues dans la banque NR, peut être pourrez vous utiliser ces homologues là pour l'annotation fonctionnelle.



Bonne annotation.

C. Petitjean

rebonjour

parmis nos 6 homologues: 5 font parti de la famille des virus et 1 des bactéries
nous avons choisi les virus comme groupe d'étude et donc bactéries et eucaryote comme groupe extérieur.
Nous avons également ajoutés des séquences homologues de la banque env_NR (métagénome marin).

Lorsque nous réalisons l'arbre, notre séquence, les séquence du métagénome marin et notre groupe d'études sont mélangés. Notre séquence est plus proches des séquences du métagénome marin. Le groupe extérieur lui est bien distinct (mais nous n'avons q'une séquence).

Pouvons nous conclure sur l'appartenance de notre séquence à un groupe? si elle appartient au virus mais a une autre famille que ceux de notre groupe d'étude?

ps: nous rencontrons des difficultés avec phylogény.fr, pour une maintenance apparement et on ne trouve plus comment récupérer l'arbre au format texte savez vous comment faire ?

Bonjour,

Pour Phylogeny.fr, J'ai vu que le site était en maintenance, mais vous pouvez quand même récupérer votre arbre au format texte avant l'étape de visualisation avec Treedyn.
J'espère que le problème sera vite résolu et si vous avez d'autres difficultés, dites nous.

Pour votre arbre, dans la mesure où votre groupe extérieur est une séquence, elle sera forcement distincte des autres! Donc ce n'est pas un critère, vous devez réfléchir en terme d'organisation des autres groupes (monophylie ou non/congruence avec la phylogénie de référence) si votre arbre est raciné sur votre groupe extérieur.
Une fois votre arbre raciné sur votre groupe extérieur, il vous faut lire votre arbre pour retrouver les plus proches parents de votre séquence, et savoir si elle est incluse dans un groupe monophylétique connu.

Vous me dites qu'elle est inclue dans un groupe de séquences métagénomiques.
Il vous sera donc difficile de lui attribuer une classification taxonomique, mais je vous invite à chercher plus d'informations sur ces séquences pour essayer d'analyser cohérence de la place de votre séquence.

bonne annotation.

C. Petitjean