jenni
8 Apr 2010 17:28
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Suite à un blastp contre nr,j'ai déterminé mon score seuil à l'aide des gaps et des pourcenages d'identité.
Au delà de ce score seuil,j'obtiens 7homologues dont 5virus,1 firmicute et 1CFB group bacteria.
Même si je baisse mon score seuil je me retrouve avec 80% de virus,j'aurais voulu avoir votre avis pour la suite.
Merci d'avance.
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c_petitjean_10
8 Apr 2010 19:01
Game master |
Bonjour,
Si votre question est " peut-on utiliser des séquences virales pour faire une étude phylogénétique?"
Je réponds : pourquoi ne pourriez vous pas?
Attention à la définition du seuil, qui doit différencier les homologues des non homologues. Si vous définissez un seuil, vous ne pouvez pas le descendre simplement parce que la répartition taxonomique ne vous conviens pas.
Dernière chose, les séquences virales sont souvent plus divergentes que ce dont on a l'habitude.
Voilà mon avis, mais une question précise pourra peut être vous permettre d'avoir une réponse plus précise!
Bonne annotation.
C. Petitjean |
jenni
10 Apr 2010 12:23
Non evaluated contribution |
Bonjour,
j'aimerai savoir s'il est donc possible de créer un groupe d'étude avec les virus et un groupe extérieur avec le firmicute et le CFB group bactéria?
Dans la FAQ,l'arbre ne nous situe pas les virus.
Merci d'avance. |
c_petitjean_10
11 Apr 2010 14:40
Game master |
Bonjour,
Effectivement, la question est plus claire, et pas tout à fait ce à quoi je pensais!
Comme je vous l'ai déjà dis vous pouvez tout à fait utiliser les séquences virales pour étudier votre séquence.
Comme vous le savez surement, les virus sont des parasites, qui infecte les cellules archées, eucaryotes et bactériennes et détournent leur systèmes pour leur propre reproduction.
Actuellement ils ne sont pas considérés comme vivant par la majorité de la communautés scientifique, c'est pourquoi ils ne sont pas présents dans les phylogénies fournies dans la FAQ.
De plus, la vitesse d'évolution de leurs génomes est en générale, largement supérieure à celles des Archaea, Eucaryotes et Bactéries, et cela pose problème pour reconstruire les relations évolutives entre les virus, (entre eux et avec les Archaea, Eucaryotes et Bactéries).
Néanmoins, ils sont porteurs de séquence nucléotidiques informatives. On peut donc étudier l'histoire évolutive de ces séquences, pouvant être partagées avec des cellules Archaea, Eucaryotes ou bactériennes.
J'espère avoir répondu à votre question!
C. Petitjean |