ameliane
8 Apr 2010 0:27
Non evaluated contribution |
Bonjour, je me permet de vous contacter car je ne sais pas comment interpréter (ou potentiellement corriger) le fait que dans les arbres que j'obtiens à l'issu de l'analyse phylogénétique, les séquences qui sont les plus proches de mon ORF putatif ne sont pas celles qui avaient obtenus les plus hauts scores lors des alignements deux à deux.
Pourriez vous m'indiquer s'il y a des modifications à apporter dans les "paramètres" de mon étude phylogénétique, ou alors m'expliquer comment (et pourquoi) une telle chose peut se produire ?
Merci d'avances,
Cordialement,
Melle Brun Amélie |
c_petitjean_10
8 Apr 2010 10:07
Game master |
Bonjour,
Si le blast suffisait à lui seul à définir de façon claire quelles sont les séquences les plus proches de la votre phylogénétiquement, soyez sure qu'on ne vous ferez pas faire le reste de la procédure!
Le blast va chercher des séquences similaires à la votre, selon un certain nombre de critère et un algorithme propre.
La construction d'un alignement multiple et d'un arbre phylogénétique permet de savoir quelles sont les séquences qui sont évolutivement le plus proche de la votre dans le set de séquences similaire trouvées par blast.
Une fois l'arbre inféré, si votre séquence ne se place pas dans le groupe que vous aviez défini à priori comme le groupe d'étude, vous pouvez définir un nouveau groupe extérieur et un nouveau groupe d'étude pour replacer au mieux votre séquence.
Par ailleurs, si votre séquence ne se place pas dans le groupe d'étude que vous avez défini, peut être avez vous mal défini ce groupe d'étude.
Bonne annotation.
C. Petitjean |