Nous avons pensé à différents cas de gpe d'etude et gpe exterieur et nous aimerions être conséillés davantage à ce sujet.
Cas 1:           gpe d'étude= les alpha-protéobactéries
                  et gpe extérieur= bêta et gamma protéobactéries
On voudrait savoir ans ce cas 1, si il y a respect des critères de choix suivant:
-       Est-ce que le groupe exterieur doit être forcément un groupe monophylétique?
-       Est-ce que le groupe d'etude est un ensemble de lignées de même niveau  taxonomique que le groupe exterieur

Cas 2:
Dans notre rapport taxonomique, il y a d'autres organismes avec de trés bon scores (trés supérieur au score seuil); exemple: firmicutes ou encore eucaryotes (anémones de mer par exemple)
Dans ce cas 2, doit-on donc définir plutôt un gpe d'etude et un gpe extérieur plus large: exemple: gpe d'étude: bactérie et gpe extérieur: eucaryotes
mais dans ce cas là, les organismes eucaryotes sont présents en nombre trés faible ( environ une 20aine) contrairement aux bactéries qui sont trés nombre au dessus du seuil dans le lineage report.

Lequel de ces choix est le plus judicieux?

Merci par avance.

Bonjour,

Pour choisir le groupe extérieur vous devez choisir un groupe monophylétique incluant votre groupe d'étude (le plus restreint possible), le groupe extérieur sera alors toutes les lignées de ce groupe, sauf votre groupe d'étude.
Pour retrouver les relations entre les différents groupes de protéobactéries, je vous renvoie à la figure "la phylogénie pour les nuls", présente sur la FAQ.


A propos de votre rapport taxonomique, n'oubliez pas que vous devez prendre en compte les séquences ayant des scores comparables.
Le choix de vos groupes d'étude et extérieur doit être justifié, entre autre, par rapport à la répartition des scores selon les groupes taxonomiques.
Si deux séquences ayant le même score appartiennent à deux groupes taxonomiques différents, comment pouvez vous savoir laquelle est la plus proche d'un point de vue évolutif?


Pour votre exemple en particulier, attention de respecter les conditions de choix de groupe extérieur et d'étude. Encore une fois, je vous renvois à la figure sur la phylogénie des trois domaines du vivant.


Bonne annotation.

C. Petitjean

Bonjour
J'ai fait un blast P avec ma séquence contre la banque nr et j'obtient 20 résultats appartenant aux bactéries ( firmicute, entérobactérie, firmicute) et des protéobactéries (delta et gamma). Le groupe des gamma protéobactérie est le plus nombreux, les e-value  ne sont pas très bonnes mais pas les plus mauvaises. Est ce suffisant pout  en faire mon groupe d'étude?
J'ai fais ensuite un arbre avec ma séquence et les gamma protéobactéries mais je n'ai pu le construire qu'en supprimant le Gblocks. Quelles sont les conséquences de cette suppréssion?
Il serait logique de choisir les bactéries comme groupe externes mais comment les intégrer sur mon arbres?
Merci  

Bonjour\r\nJ\'ai fait un blast P avec ma séquence contre la banque nr et j\'obtient 20 résultats appartenant aux bactéries ( firmicute, entérobactérie, firmicute) et des protéobactéries (delta et gamma). Le groupe des gamma protéobactérie est le plus nombreux, les e-value  ne sont pas très bonnes mais pas les plus mauvaises. Est ce suffisant pout  en faire mon groupe d\'étude?\r\nJ\'ai fais ensuite un arbre avec ma séquence et les gamma protéobactéries mais je n\'ai pu le construire qu\'en supprimant le Gblocks. Quelles sont les conséquences de cette suppréssion?\r\nIl serait logique de choisir les bactéries comme groupe externes mais comment les intégrer sur mon arbres?\r\nMerci  

Bonjour,

Tout d'abord, vous ne pouvez pas choisir votre groupe d'étude en fonction du nombre de résultats dans un groupe taxonomique.
Vous devez analyser la répartition des scores, et les alignements dans les différents groupes taxonomiques, pour déterminer à priori le groupe auquel appartient votre séquence.
L'alignement multiple et la construction de l'arbre phylogénétique vous permettra ensuite de valider ou non votre hypothèse.
(si l'hypothèse n'est pas validée, vous devrez alors redéfinir vos groupes d'étude et extérieur)

Gblocks est un logiciel qui sélectionne les positions phylogénétiquement informatives, donc qui vont permettre (au logiciels de reconstruction phylogénétique, PhyML ou BioNJ par exemple) de reconstruire au mieux l'histoire évolutive de votre protéine.
Si vous ne passer pas par cette étape, vous risquez d'introduire un biais dans votre arbre phylogénétique.

Si Gblocks ne sélectionne aucune position, je vous invite à analyser votre alignement multiple et à vérifier l'homologie de vos séquences.


Quand à votre question sur le choix de votre groupe extérieur et son intégration dans l'arbre, je ne la comprends pas?

Bonne annotation.

C. Petitjean

Bonsoir
JE suis désolée de soliciter encore votre aide mais je bloque.
Pour ma séquence j'ai réalisé mon blast nr ou je n'ai que des bactéries et protéobactéries. J'ai choisie l'ensembles des bactéries comme groupe d'étude car ce sont les meilleures e-value, les longueurs des séquences sont en accords avec ma séquences et les séquences s'alignent correctement avec ma séquence est-ce suffisant pour dire qu'il s'agiot d'un groupe d'étude?
J'ai ensuite un eucaryote et une archébactéries en faisant mon arbre j'ai remarquer que le groupe arché est le plus proche j'ai donc enraciné mon arbre en  le choisissant comme groupe extérieur. Est-ce pertinent?
pour terminer j'ai un problème car j'ai du réaliser mon arbre sans aucun gblock est un arbre fiablke malgré tout? J'ai essayer de réaliser mon arbre de multiple façon et j'ai même tenter de construire un arbre avec mes séquences obtenus contre la banque environnementale mais je ne parviens à contruire un arbre qu'en absence totale de GBLOCK
MErci de votre aide une fois de plus