bonjour,
nous avons un problème avec notre lot 3: ORF_AK19140.23
En effet, nous avons pris comme groupe d'étude les protéobactéries (a,b,g et d)
mais lorsque nous regardons l'arbre, toutes les protéobactéries sont mélangées (b et d..)
De plus nos groupes extérieurs se retrouvent insérés dans le groupe d'étude.
Faut-il choisir qu'un seul groupe de protéobactéries ?
Aussi la séquence présentant la meilleure e-value et le meilleur score est une protéobactéries
mais sur l'arbre elle ne figure pas avec les a protéo.
Merci de votre attention.

Bonjour,
Pour répondre à vos questions. Il est possible que les séquences de protéobactéries soient mélangées dans un arbre. Cela peut indiquer:
1- que les séquences étudiées ne contiennent pas assez d'information phylogénétique pour résoudre les relations de parentés entre les protéobactéries (séquences trop proches les unes des autres).
2- que vous avez choisi des séquences non homologues (choix de séquences trop éloignées d'après votre blast => alignement multiple avec peu de résidus similaires/conservés)
3- qu'il y a des phénomènes de paralogies cachées (cf cours)
4- que le gène se transfère entre les protéobactéries.
Sans accès au taxonomy report c'est difficile de trancher.
'De plus nos groupes extérieurs se retrouvent insérés dans le groupe d'étude.' <= ce point est plus problématique mais renvoie aux points 2-5 ci-dessus
'Faut-il choisir qu'un seul groupe de protéobactéries ?' <= Je ne comprends pas bien cette question
Cordialement,
Céline Brochier

Bonjour,
au sujet de la question "faut-il choisir qu'un seul groupe de protéobactéries ?',
je voulais dire: utiliser comme groupe d'étude uniquement les protéobactéries a
ou protéobactéries b ...? en tout cas, celles qui présentent le meilleur score
et une bonne e-value ? ( apparemment il s'agirait des protéobactéries a)
En vous remerciant.

Bonjour,
Tout dépend de votre taxonomy report. Est-ce que les a-proteobacteries ont des scores significativement meilleurs que ceux observés pour les autres proteobacteries ? Si la réponse est oui alors vous pouvez les utiliser comme groupe d'étude, si la réponse est non alors vous devez utiliser les proteobactéries dans leur ensemble comme groupe d'étude.
C'est exactement le même problème que lorsque vous hésitez entre un groupe d'étude sous-gourpe bactérien et un groupe d'étude bactérien. La démarche logique est absolument la même quelque soit le niveau auquel vous vous placez.
Cordialement,
Céline Brochier