Bonjour!!

On a un petit soucis avec l'étape PhyML. Ca charge depuis plus d'une demi-heure et ca ne nous a toujours rien donné comme résultats. Est-ce du au fait que nous avons mis beaucoup de séquences aux départ pour l'analyse??

Le soucis c'est que avec 500 résultats aux BLAST nous avons ce qu'il nous faut pour créer nos groupes et continuer. Malheureusement, MUSCLE n'accepte pas autant de résultats apparament et il nous dit que les noms des séquences sont trop longs. Nous avons supprimé quelques séquences du "groupe interne" putatif. Les étapes muscle, G-blocks ont fonctionné mais PhyML semble être plus réticent.
QUe pouvons nous faire??
Nous sommes bloqués.
On a recommencé plusieurs fois au cas ou... Ca ne change rien!!

Merci de nous répondre le plus vite possible (évaluation 1 oblige !!! :) )

Merci d'avance!!

effectivement si vous tentez de faire la phylo sur 500 séqunces c’est normal!Je suppose que si vous êtes allés jusqu’à 500 résultats Blast c’est que vous aviez des difficultés à constituer un gr externe!  Vous devez sélectionner dans votre résultat BLAST une 50aine de sequences pertinentes (30-40aine qui formera un gr interne et une 10-15aine qui constituera le gr externe).
PS: “nom de sequence trop long” n’impact pas sur le résultat, vous pouvez passer à la suite en bas de page.
Bonne journée
Sam

bonjour, voila notre numéro de GOS        >GOS_1305040
Nous avons aussi essayé de faire l'arbre et tout fonctionnait(muscle etc) jusqu'à l'étape de phyML que j'ai laissé tourner 1h30 sans résultats. Nous avions 36 séquences dans le groupe d'étude et 9 dans le groupe externe nous avons essayé à nouveau aujourd'hui avec un autre ordinateur et en enlevant encore des séquences sans que ca fonctionne pour autant. Que faire? peut-on quand même vous soumettre la correction de notre séquence sans avoir fini l'analyse?
Merci d'avance