bonjours!
j'ai un problème avec mon arbre phylogénétique: il est en désordre!! j'ai choisi les protéobactéries comme groupe d'étude et les autres bactéries comme groupe extérieur. les deux groupes se mélangent dans mais deux arbres(bioNJ et phyML): il y a plus ou moins 2 grands groupe de protéobactéries dans lesquels on retrouve les 10 séquences que j'ai choisi pour mon groupe extérieur(10 car mon choix de séquences homologue était limité en ce qui concerne les "autres bactéries") éparpillé un peu partout sans vraiment de logique(de mon point de vue!!).
de plus lorsque je regarde mon BLASTp je constate que dans les 10 premières séquences ayant le plus haut e-value on en retrouve 2 qui proviennent de champignon ce que je trouve étrange puisque lorsque je fait mon arbre, l'ORF étudiée se retrouve à chaque fois plus ou moins avec les alphaprotéobactéries!!!
est ce que cela aurais un rapport avec le fait que mon arbre sont pas très net et qu'est ce que cela peut signifier??
merci de m'éclairer sur le sujet.