Bonjour,
nous avons effectué un blast p contre nr.on a trouvé des similarités avec d'autres protéines dont les
E-values allant de 10e-19 à 9.9.Cependant nous n'observons pas de saut d'E-value.De plus les bactéries présentant les plus fortes similarités n'appartiennent pas au même phylum.En effet ce sont des firmicutes,des a-protéobactéries,...Nous avons donc des difficultés pour définir nos groupes d'étude et groupe extérieur.Devons-nous ne considérer qu'un seul groupe d'étude pour continuer nos annotations?Et dire que celui-ci est composé de toutes les bactéries qui présentent des E-value plus faibles que 10e-10?Ou étant donné que nous ne pouvons déterminer de seuil d'E-value,devons nous considérer toutes les bactéries cad même celles qui possèdent des E-value plus grandes que 10e-10?
Merci par avance!

Bonjour,

c'est effectivement difficile de trancher dans votre cas entre les firmicutes et les protéo qui ont des scores comparables. Dans ce cas comme vous le suggérez déjà, il semble raisonnable de prendre les bactéries comme groupe d'étude, et il y a tout en bas de vos résultats du taxonomy report une séquence d'archae avec un score de 62 qui serait heureuse de vous servir de groupe extérieur. Vous pouvez sans risque descendre jusqu'à un score de ~60 (eval ~ 1e-8) car en regardant les alignements, on se rend vite compte qu'il s'agit bien de séquences homologues.