Quand l'ORF débute 6 nucléotides (2 codons) en amont du codon présumé d\'initiation de la traduction, ne doit-on pas réaliser les Blast avec la séquence de la protéine (à partir de la méthionine)et non pas avec la séquence traduite de l\'ORF (plus longue de 2 AA en N-ter)?

Désolé du retard pour répondre à votre question, p.e. que vous avez déjà la réponse à votre question...
Comment pouvez vous être certains que la méthionine du début de la traduction est bien celle 2 codons après le début de votre ORF ? est ce que vous avez des indications pour cela ?
Dans tous les cas, il me semble plus sûr à ce stade de l'analyse de faire le blast avec tout votre ORF, car justement les résultats de BLASt pourront vous confirmer si oui ou non la bonne méthionine est celle que vous supposez.