Nous avons effectué un BLAST P sur la séquence la plus longue, on n'a pas obtenu de bonnes Evalue , nous avons essayé ce même BLAST avec les 3 ORF suivants, les Evalue étaient toujours mauvaises.
Nous avons donc recuperé l'ORF de départ et refait un BLAST P environnemental mais les Evalue sont toujours faibles:

                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value

gb|ECR86088.1|  hypothetical protein GOS_3511856 [marine metag...  35.8    0.48
gb|EBN80337.1|  hypothetical protein GOS_8186007 [marine metag...  33.5    2.2  
gb|ECY72068.1|  hypothetical protein GOS_2309618 [marine metag...  33.1    3.0  
gb|EBS22300.1|  hypothetical protein GOS_7471671 [marine metag...  33.1    3.6  
gb|EBK65568.1|  hypothetical protein GOS_8696575 [marine metag...  32.3    5.4  
gb|ECK75495.1|  hypothetical protein GOS_6114621 [marine metag...  32.0    6.6  
gb|EBD09187.1|  hypothetical protein GOS_9985517 [marine metag...  32.0    7.0  
gb|ECA91460.1|  hypothetical protein GOS_6462905 [marine metag...  31.6    8.8  
gb|ECX84129.1|  hypothetical protein GOS_2466345 [marine metag...  31.6    9.5  

Nous avons pensé à une séquence non codante mais cela semble peu probable car elle est composée de 158 acides aminées, il se pourrait donc qu'elle n'ait pas encore été découverte.
Dans les règles du jeu il est stipulé que

"en effet l'absence d'homologues dans les banques de séquences ne constitue pas la démonstration qu'un ORF est non-codant; dans ce cas on ne trouverait jamais de gènes complètement nouveaux! Il existe d'autres techniques d'identification de gène dites ab initio (par exemple celles exploitant les biais statisitiques d'utilisation de codons) mais celles-ci ne seront qu'au programme de bioinformatique de Master"

Comment traiter ce problème dans le cas de l'annotathon.
Merci de votr attention.

Najla El fissi
Meiggie Macchi

Effectivement, avec une taille de plus de 150 codons, il est peu probable que votre ORF soit non-codant. Avez-vous essaye de faire un BlastX vs NR avant le BlastP vs Environnement?
De façon générale, dans cette situation, vous devez toujours procedez de la façon suivante:
1-BlastP vs NR
2-BlastP vs SP
Ce sont les deux blast minimun à faire.
Si pas homologues, alors:
BlastX vs NR
Si similarités significatives, alors reperez la region, le cadre ouvert de lecture et refaites votre recherche d'ORF en tenant compte de ces informations, puis blast, domains, etc.... avec le nouvel ORF
si similarités non significatives, alors:
BlastX vs environnement
Si similarités significatives, alors reperez la region, le cadre ouvert de lecture et refaites votre recherche d'ORF en tenant compte de ces informations, puis Blast, Domains,
.... avec le nouvel ORF.
Si similarités non significatives, alors votre fragment reste codant (si ORF de plus de 150 codons), et qu'il n'existe pas à l'heure actuelle d'homologues dans les banques de données.

Dans tous les cas, prenez bien soin de bien decrire et analyser TOUS vos resultats.

ET