Bonjour,
Je n'ai aucun domaine protéique, sur la recherche de Blastp contre nr j'obtiens que 5 séquences comme je peux pas faire la suite de l'analyse, j'ai fais un tblastn contre nr/nt et là j'obtiens plus de séquences, des b-protéobactéries et a-protéobactéries et g-protéobactéries. Mais quand je choisie mes séquences et que je l'ai convertis en format fasta, j'obtiens qu'une séquencs gi très longue ( voir bloc note mais qu'une partie après c'est la même chose. De plus quand je fais l'analyse phylogénique, alignement multiple et que je colle le format fasta + la séquence traduite, ca me dit que le format n'est pas bon. En plus du fait que la séquence en format fasta est très longue cela fait souvent planté mon ordinateur donc je suis obligée de recommencer plusieurs fois. Je me demandé si je ne devais pas faire un autre blast mais je sais pas quel type je doit prendre dans mon cas.
Merci
sweet

Bonjour,

En lisant votre mail, plusieurs problèmes transparaissent.
La première est une question de logique. D'un point de vue théorique, qu'apporterait un tblastn contre nr par rapport à un blastp contre nr ?
Si ce que vous n'observez n'est pas ce à quoi vous vous attendiez, c'est très intéressant et essayez de trouver une explication.

Si vous souhaitez récupérer des séquences obtenues à partir d'un tblastn (quelque soit la banque ciblée), vous ne pouvez pas suivre la procédure habituelle car les séquences que vous allez récupérer seront nucléiques !
Il vous faut donc reconstituer les séquences protéiques au format fasta, à partir des alignements obtenus par blast (i.e. copier/coller la séquence subject dans votre bloc-note et former le format fasta).

Cordialement,

Céline Brochier