bonjour,
Le rapport taxinomique me donne des virus avec de scores de 247,161,122,116...44, et puis dans une seconde tranche une b-protéobactérie de score 125, puis 1 ou 2 a-protéobactérie et 2 ou 3 eucaryote, des tunicates, cyanobactérie des primates rien de trés significatif pour moi. Je pensée prendre en groupe d\'étude les virus et en groupe extérieur les bactéries et eucaryotes, est-ce cohérent et possible, je suis un peu perdu. Merci

Bonjour,

Les virus posent effectivement des problèmes car comme vous l'aurez remarqué, ils ne sont pas inclus dans l'arbre universel du vivant. Cela signifie qu'on considère que les virus et les cellules, bien que pouvant présenter des gènes homologues, ne sont pas "apparentés" au sens classique du terme (en particulier à cause des phénomènes de transferts de gènes).
Donc si vous pensez que vos séquences proviennent de virus, vous ne pouvez pas utiliser des organismes cellulaires comme groupe extérieur. Néanmoins vous pouvez inclure les séquences non virales dans votre analyse afin de voir si des phénomènes de transferts de gènes sont possibles.

Cordialement,

Céline Brochier