j'ai fais notre alignement sur t coffe on obtiens un bonne alignement j'ai suivie les instructions sur le FAQ j'ai lancé le G-BLOOK et on obtiens pas de résultat il me dit qu'il n'a pas trouvé de site alignement et le processus de production à été arrété. qu'es ce que je doit faire?

Bonjour,

G-Blocks est un logiciel qui sert à trouver automatiquement, dans un alignement multiple donné les zones qui sont pertinentes pour les algorithmes de fabrication d'arbre, pour cela il va sélectionner uniquement des zones bien conservées (mais pas non plus entièrement identique sinon on ne pourrait pas faire l'arbre) pour l'ensemble des séquences de l'alignement multiple. Or en regardant le votre je me suis rendu compte qu'à aucun endroit, la totalité de vos séquences sont alignées ; il y en a toujours une ou deux qui présentent un gap. A partir de là G-Blocks ne peut effectivement pas sélectionner ed sone pertinente. Le problème ne vient pas de G-Blocks, mais plutôt de la sélection des séquences.

Bonne journée,

Raphaël

le problème c'est que j'ai que des métanogénome et mes séquence choisi sont les seuls qui sont au dessus du score seuil et que sont accepté par t-coffe je peux difficilement en prendre d'autre.Donc dans ce cas qu'es que je dois faire

Bonjour,

Si avec cette sélection de séquences l'alignement que vous obtenez n'est pas de bonne qualité, cela peut signifier que vous avez inclus des séquences non homologues ou des séquences trop partielles.

Vérifiez donc votre choix de séquences.

Cordialement,

Céline Brochier