Bonjour,

Je vous envoie ce message suite à la correction de ma séquence numéro GOS_791030.46 du binome "catnat".

Dés le départ nous savions que notre séquence était "mauvaise".
Après avoir eu l'avis d'une enseignante qui nous a dit qu'un arbre serait impossible vu le peu voir l'absence de séquences homologues nous avons décidé de décrire au maximum les résultats que nous pouvions obtenir.
De ce fait les alignements réalisés sont sans conteste mauvais mais c'était justement pour appuyer nos dires précédent; surtout que le seul correct est réalisé avec les marines métagénomes mais ils n'ont pas de taxonomie.

Je vous avoue donc mon incompréhension face aux commentaires récoltés, voulez vous que nous réalisions un arbre avec les marines métagénomes, les alignements avec les séquences non homologues doivent être enlevés ?

J'attends votre réponse avec impatience car je vous avoue que la lecture de ces commentaires me rend perplexe et me fond penser que je dois TOUT recommencer et si c'est le cas je ne sais plus quoi faire.

En vous remerciant d'avance,

                                                     Nathalie LONG

Bonjour,

Je viens de lire les commentaires qui vous ont été adressés et je les trouve en adéquation avec vos analyses.

Par rapport à vos questions.

Qu'entendez-vous par: "Dés le départ nous savions que notre séquence était "mauvaise".". Il n'y a pas de bonne ou de mauvaise séquences. Simplement les séquences ont des histoires où sont porteuses d'informations différentes.

Les commentaires qui vous sont adressés sont en accord avec les conseils qui vous ont été donnés en TD.
Ne présentez pas d'alignements et surtout pas d'arbres si les séquences utilisées sont non homologues. Cela n'a aucun sens. En revanche vous pouvez essayer de faire des alignements multiples pour vérifier l'homologie ou non de séquences très divergentes, mais si l'analyse révèle que les séquences sont non homologues alors ne faites surtout pas d'arbre.

Par contre si les séquences provenant de la banque environnementale sont des homologues, n'hésitez pas à faire un alignement multiple et un arbre.

Pour les alignements multiples, faites les en utilisant les séquences protéiques et non nucléiques. Ces dernières évoluent souvent plus vite que les premières et donc les alignements obtenus sont moins fiables.

Enfin. Travaillez vos analyses de résultats car comme le correcteur le souligne, vous n'êtes pas toujours très clairs.

Bon courage pour le deuxième round

Céline Brochier