bonjour,
Le score seuil doit-il bien est inférieur aux scores obtenu dans notre groupes d'étude et de notre goupe exterieur ou marque t-il la rupture entre c'est deux groupe (comme je les compris en TD) ?
camille BAUDESSON.

Bonjour,

Le score seuil représente le score marquant la limite entre séquences homologues et non homologues. Les séquences constituant votre groupe d'étude et votre groupe extérieur devant être homologues (sinon vous n'auriez pas le droit de les analyser via la phylogénie), elles doivent avoir des scores supérieur à ce score seuil.

Très cordialement,

Céline Brochier

Bonjour
J'ai du mal à interpréter mon blastx,selon ce que j'ai pu comprendre ce dernier traduit ma séquence génomique et la compare aux homologues connus.
Cepandant dans les résultats de l'alignement 2à2 de ce blastx,celui-ci indique que l'AA 526 de notre séquence s'aligne avec l'AA 15 du meilleur homologue et dans le schéma d'alignement du même blast nous voyons que les homologues s'alignent avec notre séquence dés le début.
Je ne comprend pas mon dernier résultat car j'étais prés à conclure que mon codon start était compris dan ma séquence.
En effet les  blastp des 8 ORF trouvés(any codon)ne nous donne pas de résultats significatifs sauf pour le plus long d'entre eux dont la majorité des homologues ne s'alignent pas dés le début avec notre ORF.
Comment interpreter le schéma de ce blastx

MADI,QUAN,AGGOUN

Bonjour,

Attention, à trois choses quand vous utilisez le forum.
Pour poster une question sur un de vos lots, ne faites pas un reply à une question déjà posée précédemment, sinon le numéro du lot concerné par votre question n'apparaît pas.

Quelques questions cependant:

- qu'avez-vous utilisé comme graine pour votre blastx? la séquence de l'ORF ou la séquence du fragment génomique complet?
- êtes vous surs que votre ORF fait plus de 500 AA ??

- dans quel but faites-vous un blastx?

Cordialement,

Céline Brochier