bonjour,
nous avons un pb pour définir notre groupe exterieur ainsi que notre point de rupture sur le blastp! notre taxonomie report nous donne des bactérie et des eucaryotes avec des scores élevés (entre 458 et 100) il me semblerais donc que notre groupe d\'étude serait les bactéries et les eucaryotes, notre groupe extérieur pourrait être les archaea, nous en avons que 2 qui ont des score faibles (35) cependant on en trouve aussi quelques un qui ont des scores élévés (235, 233) nous ne savons donc pas quoi faire....

ps: pour obtenir une large gamme de scores nous avons du faire un blastp avec 10 000 descriptions ce qui nous pause probleme car le site ne marche pas tout le temps à cause de cela !

Merci.

Bonjour,

Lisez attentivement le ‘guide de sélection des groupes d'études et extérieurs’ qui se trouve dans FAQ. Pensez-vous que l'ensemble des bactéries est les eucaryotes est un group d'étude valable?

Emese Meglecz

c'est justement la question que je me pause ! mais d'après les questions réponses du forum, oui ce serais un groupe valable. Comprenais qu'il est dure de comprendre certaines choses alors que des cours nous manques.
Merci de bien vouloir nous aider un peut, pour nous permetre d'avancer. Cela fait déjas plusieurs jours que nous  somme bloqués.

Bonjour,

Le choix du groupe extérieur est un des points les plus difficiles. Etant donné que nous n'avons eu qu'une séance de TD au cours de laquelle nous avons abordé le problème pour la première fois, c'est normal que vous ayez des difficultés.
Ces difficultés s'aplaniront au fil du temps. Donc je vous conseille de mettre cette question entre parenthèse pour le moment afin que nous puissions discuter avec vous de vive voix.

Cordialement,

Céline Brochier

discuter de vive voix me semble difficile à ce jour....
ils nous faut donc des informations pour pouvoir continuer notre travaille svp!!
merci.

Bonjour Madame, suite à votre mail sur le retard de nos séquences a évolué, en croyant qu'on ne s'interesse pas et qu'on ne travaille pas sur le sujet. Ils nous est impossible d'avancer car nous avons tous nos TD qui sont annulés et donc difficile par nous même d'avancé avec les outils et le FAQ sans une bonne explication de vive voix. Je vous pris de nous comprendre. Nous sommes aussi inquiet que vous sur le sujet.
Je vous pris d'agreer mes sinceres salutations.

Bonjour,

Décidément,  cette année on a des obstacles très variés et nombreux qui rendent les conditions de travail difficile à la fois pour vous et pour nous.

En ce qui concerne votre question:
'Lisez attentivement le ‘guide de sélection des groupes d'études et extérieurs’ qui se trouve dans FAQ. Pensez-vous que l'ensemble des bactéries est les eucaryotes est un group d'étude valable? '
La réponse est non. Les bactéries, Archaea, et les Eukaryotes sont au même niveau taxonomique, donc, si on considère les Bactéries et les Eukaryotes comme partie de groupe d'étude, il faut aussi inclure les Archaea, et on ne peut pas avoir de groupe extérieur.

C'est n'est pas votre cas. Dans votre 'taxonomy report' les CFB bactéries ont des scores entre 224-458, et le groupe suivant (green sulfur bacteria) a des scores entre 244-328. Bien qu'il y a un peu de chevauchement entre le gamme des scores de CFB bacteria et de green sulfur bacteria, la différence est considérable entre les meilleurs scores de deux groupes. Donc, je considérerais les CFB bacteria comme groupe d'étude, et comme groupe extérieur le groupe un niveau taxonomique supérieur ce qui est le green sulfur bacteria dans ce cas.  (voir Phyolgénie_pour_les_nuls.pdf) Si votre groupe d'étude était les fusobacteria(par exemple), le groupe d'extérieur sera tout les autres bactéries qui ne sont pas des fusobacteria.

Cordialement,

Emese Meglecz