Bonjour,

Après avoir effectuer un BLAST et un "taxonomy report", nous avons pu définir notre groupe d'étude, qui est constitué de 7 thermotogales, 2 cyanobactéries, et 6 Epsilon-protéobacteries. Les scores correspondant à ces 15 séquences varient entre 117 et 157.

Cependant, nous rencontrons un problème pour définir le groupe extérieur.
En fait, lorsque les scores diminuent (jusqu'à 34,) nous observons une brusque augmentation (jusqu'à 152) correspondant au changement de famille ( de bacteria à archaea ).

Et la question est de savoir si nous pouvons choisir ces bacteries dont le score est tout de même élevé (et proche de celui du groupe d'étude) afin de constituer notre groupe extérieur, ou si nous devons sélectionner des bactéries ayant un score plus faible.  

Je vous remercie d'avance.

Bonjour,

Vous n’avez pas copié taxonomie report de blast dans l’annotathon, donc je n’ai pas toutes les informations nécessaires pour vous éclairer. Néanmoins, d’après votre description il me semble que votre choix de groupe d’étude n’est pas correct. Si certains Archaea ont des scores similaires à votre groupe d’étude choisi, vous devriez inclure les archaea aussi dans votre groupe d’étude.

Bon travail,

Emese Meglecz

Merci pour votre reponse qui fut très rapide.

Nous venons de copier notre rapport taxonomique dans l'annotathon.

Donc effectivement, nous pouvons inclure les Archaea dans notre groupe d'étude avec les Bacteria (Thermotogales,...), et dans ce cas, devrions-nous prendre les Eukaryotes comme groupe extérieur ? Si tel est le cas, malheureusement nous n'avons aucun de ces organismes.

Nous vous remercions d'avance.

Re-bonjour,

Pour le choix du groupe extérieur, lisez attentivement le ‘guide de sélection des groupes d'études et extérieurs’ qui se trouve dans FAQ.

Dans votre groupe d’étude vous devrez avoir les séquences représentant de mieux possible de tous les groupes de même niveau taxonomique... donc dans votre cas Bactéries, Archaea, et Eucaryotes. Dans ce cas vous malheureusement vous n‘avez pas de groupe extérieur.

Emese Meglecz

P.S. Attention, votre ORF n'est pas bien définie. Il y a des messages d'erreur en rouge.

bonjour,
nous avons aussi un pb pour définir notre groupe exterieur! notre taxonomie report nous donne des bactérie et eucaryotes avec des scores élevés (entre 458 et 100) il me semblerais donc que notre groupe d 'étude serait les bactéries et les eucaryotes, notre groupe extérieur pourrait être les archaea, nous en avons que 2 qui ont des score faibles (35) cependant on en trouve aussi quelques un qui ont des scores élévés (235, 233) nous ne savons donc pas quoi faire....

Merci.

Bonjour,

Reposez votre question en ouvrant un nouveau fil à partir de votre lot afin que nous puissions avoir accès à votre séquence.

Cordialement,

Céline Brochier