Bonjour,
Sur le fragment suivant:GOS_792010.16
Nous avons identifié 2 ORF de même taille avec la recherche any codon, une fois affiné avec une seconde recherche atg gtg ctg ttg l'ORF en position 17 à 850 sur le brin indirect s'est révélé etre le plus long mais il ne correspond à aucun domaine protéique contrairement à l'ORF 37 à 851 sur le brin direct.
Faut-il changer d'ORF?
Peut-on tout de même faire le blast?
Merci d'avance.

Bonjour,

Avant de pouvoir répondre complètement à votre demande, pourriez-vous préciser ce que vous entendez par affiner la recherche d'ORF?

Ensuite, les règles du jeu  sont claires, vous analysez l'ORF le plus long (qu'il contiennent ou non des domaines conservés, qu'il possède ou non des homologues.

Bonne continuation,

Céline Brochier

Nous avons fait une première recherche avec any codon qui nous a donné 2 ORF de même taille et on a ensuite relancer une recherche en changeant les codons d'initiation avec atg gtg ctg ttg et on a obtenu un ORF de plus grande taille, sur le brin indirect de la base 17 à 850. C'est cet ORF qui ne correspond à aucun domaine protéique. Faut-il alors faire un blast?
Désolé pour le manque de clareté.

Merci.

A ce stade de l'analyse, si vous faites une recherche avec "any codon" comme option, suivie d'une recherche avec l'option "codon alternatif", cela signifie que vous avez une bonne raison pour croire que votre fragment d'ADN contient le codon d'initiation de l'ORF. Ceci n'arrive que dans un cas bien précis que nous avons évoqué lors du premier TD.

Si vous n'avez pas de raison de penser que le codon d'initiation est contenu dans votre fragment d'ADN alors, vous ne devez pas vous appuyer sur le résultat de cette seconde recherche pour choisir votre ORF.

Dans ce cas, vos deux ORF putatives ont la même taille (cas rare) et donc vous choisissez celle que vous voulez.

Cordialement,

Céline Brochier