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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Problème groupe extérieur

	Problème groupe extérieur
dama 17 Dec 2008 17:23 Contribution: Pertinent	Lors de ma correction, on m'a conseillé de prendre les archeo comme groupe extérieur. Or mon alignement est mauvais en présence du groupe extérieur, et ma séquence est située a l'extérieur si j'élimine le groupe extérieur. Dois je garder le groupe extérieur des archeo ou les éliminer ?
Hingamp_BC08 17 Dec 2008 19:59 Game master	On suit très bien votre raisonnement dans votre fiche d'annotations. C'est vrai qu'avec les archae, l'alignement multiple devient assez limite (l'aln est déjà pas évident sans groupe ext). Cependant, le petit domaine fortement conservé "PSK" en c-term restera parfaitement conservé en retirant seulement une archae de votre groupe extérieur: "Methanocorpusculum"? Si c'est bien le cas, j'opterai bien pour cette aln pour inférer les arbres. Si l'ORF reste marginale au groupe d'étude, ainsi soit-il, vous aurez en tout cas tout tenté! Attention! Votre arbre avec groupe ext n'est pas raciné sur ce dernier!!! Ceci a pû vous induire en erreur lors de son interprétation... (Voyez mon autre message "Explorer des arbres très rapidement" pour raciner un arbre)
dama 18 Dec 2008 11:33 Non evaluated contribution	Le domaine "PSK" à 3 identités quand j'enlève toutes les archeo. Dès que l'on essaye d'introduire une archeo dans l'aln les identités du domaine "PSK" ne sont plus que de 2 ou 1. Ayant tout essayé, je pense qu'il est préférable de ne prendre aucun groupe extérieur. Qu'en pensez vous ?
Hingamp_BC08 18 Dec 2008 13:16 Game master	C'est en effet un cas vraiment pas évident du tout! J'ai repris toutes vos séquences au format FASTA (dans votre bloc note) et j'ai soumis à Phylogeny.fr avec aln multiple par T-Coffee (dans les cas de séquences très divergentes cette méthode est quelques fois plus performante - un peu plus lente aussi). J'ai ensuite enlevé progressivement les séquences qui semblaient trop éloignées (le "heat map" de T-COFFEE est vraiment très utile pour étudier de près l'alignement dans ce genre de cas difficile). Il me reste un alignement acceptable avec deux archae pour enraciner (arbre par PhyML). Votre ORF se niche dans les bactéries, reste à voir si elle se rapproche plus d'une branche ou d'une autre. Je vous joins l'URL de l'analyse que j'ai faite sur Phylogeny.fr: http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=a9dc68dbbf5c4ac5f8ba367cd32d6805&tab_index=3 L'arbre: -------0.5----- +---------------------Clostridium_spiroforme_DSM_1552_gi_169350044 +--+ \| +--------------Syntrophus_aciditrophicus_SB_gi_85858228 ++ \|+---------------Clostridium_sporogenes_ATCC_15579_gi_187778256 \| \| +-----Frankia_sp._EAN1pec_gi_158313994 \| \| \| +---+ \| \| +----------------------Micrococcus_luteus_NCTC_2665_gi_177670690 \| \| \| \|-------------------Acidobacteria_bacterium_Ellin345_gi_94970332 \| +-+ \| \| \| +---Trichodesmium_erythraeum_IMS101_gi_113475218 \| \| \| \| +--------------+ \| +------+ +---------Nostoc_punctiforme_PCC_73102_gi_186684139 \| \| \| +-+ \| \| \| +----Microcystis_aeruginosa_NIES-843_gi_166365055 \| \| \| \| \| +---+ +Mycobacterium_sp._MCS_gi_108797917 \| \| \| \| +------------+ \| \| \| \| \| +Mycobacterium_sp._KMS_gi_119867013 \| \| \| \| +----------+ \| \| \| \| \| \| \| \| \| \|+----+ +--------Streptomyces_sp._SPB74_gi_197339188 \| \| \| \|\| \| \| \| \| ++ +----------Methylokorus_infernorum_V4_gi_189220239 \| +--+ \| +-+ \| \| +-----Acidothermus_cellulolyticus_11B_gi_117927655 \| \| \| +--+ \| \| \| +--------------GOS_678020_Traduction_3-392_sens_direct \| \| \| \| \| \| +--------------Geobacillus_sp._Y412MC10_gi_192811390 \| \| \| \| \| \| \| \| +-------Victivallis_vadensis_ATCC_BAA-548_gi_150383573 \| \| +------+ +-------+ \| \| \| \| \| \| \| +--------+ +---------------------------Agrobacterium_tumefaciens_str._C58_gi_159186334 \| \| \| \| \| +-------------Acidobacteria_bacterium_Ellin345_gi_94970849 \| \| \| +--Methanosarcina_barkeri_str._Fusaro_gi_73668661 \| +--Methanosarcina_mazei_Go1_gi_21227245 L'aln multiple (on voit mieux les régions conservées en couleur sur le site): CLUSTAL FORMAT for T-COFFEE Version_6.85 [http://www.tcoffee.org] [MODE: ], CPU=16.55 sec, SCORE=64, Nseq=21, Len=578 gi\|1179276 --------------------------------------MRIL---AVVPHFVPDV-APTG gi\|1134752 --------------------------------------MRIL---IYSYNYNPEL-IGIA gi\|1866841 --------------------------------------MHIL---IYSYNYHPEP-IGIA gi\|1663650 --------------------------------------MRIL---LYSYNYYPEP-IGIA gi\|1503835 -------------------------------------MRTLF---FFTEYYEPAP-NSTA gi\|1583139 MPDDSRPSPVAPARPWPSTTRSAPTPSRQVSSGPPSGWPRIL---LVTHYFPPEV-GAPQ gi\|1973391 --------------------------------------------------MP-------- gi\|9497084 ----------------------------------------------MFSDIEHEP-IG-- gi\|1776706 -------------------------------MTTEPRRPRLL---VVSHSYRPER-TPPA gi\|1693500 ------------------------------MTTKRIEKKNII---RLYAYYTPEI-TAST gi\|8585822 --------------------------------------MRIL---EIGMFYEPDL-GPGA gi\|1087979 -----------------------------------------M---ILGLNYPPEP-TGIA gi\|1198670 ----------------------------------MRKRPDVL---ILGLNYPPEP-TGIA gi\|1892202 -----------------------------------MAAYRIL---FLGINYWPEK-TGIG gi\|1928113 ------------------------------------MKKEIV---FVANYFHPDY-ASSG gi\|9497033 --------------------------------------MKFL---ILSQYFYPEV-GATQ gi\|1591863 ----------------------------------------MI---FLNRYGFPDQ-SATS gi\|7366866 ----------------------------------MV--KKVNNIFLVYYG-SFNAKSGSN gi\|2122724 ------------------------------------------MKLFISYGMQLDLFNGSN gi\|1877782 --------------------------------------MKIL---FLTQYCPPEV-GAPQ GOS_678020 ------------------------------------------------------------ gi\|1179276 IIAARLIEEIGGLGHDIHVVTSLP--WYE-RHAVEPEWRGRVVHRQWRP-WGSVTRVYPF gi\|1134752 PLMTELAEGFAKRGHQVRVVTGMP--NYP-ERKVYDGYKGKFFLTEYKN-GVTVQRSYIH gi\|1866841 PLMTELAEGLVNRGHEVRVITGMP--NYP-EREIYDGYRGQWYVTEQKN-GVTIQRSYIR gi\|1663650 PLMTELAEGLVKRGHQVRVLTAFP--WYP-NSEIDPEYRGKIYLEEERN-GVKIQRSYVW gi\|1503835 YFLTRIIGVARRFHGKIQVICATP---------------GPQTPSEDTE-NFSVFRVAVG gi\|1583139 ARLSETARAWAQAGADVTVLTGMP--NHP-TGIVPPSYRGAARRVEHSD-GYRIVRTWLY gi\|1973391 ------------------------------------------------------------ gi\|9497084 ---------------NVRFVTG-P------------------------------------ gi\|1776706 RRWGAVVAALRSAGWDVDVVAPGG--VRP-----F----------AGPD-GERVLPTPRL gi\|1693500 HLVNDLEKTLVDNDFQIDCVTPTP--SRGLEQDIVDNYKDIRY-EEKYDGKIRVHRFK-L gi\|8585822 PLCTMLSRELASLGHQVTALAAVP--HYP-TGQVQRAFRGRWLRTTVED-GVEVVRVGLP gi\|1087979 PYTGALASGLNSLGRHVTAQVAHP--HYP-EWVVREGY-GQWSRVEQLD-GVEVRRLLHY gi\|1198670 PYTGALASGLNSLGRHVTAQVAHP--HYP-EWVVREGY-GQWSRVEQLD-GVEVRRLLHY gi\|1892202 IFNTGRCEFLSSKGYEVSMITAFP--YYP-FWEIPAEYRGKWFKDESRN-GVKILRSFIY gi\|1928113 QLLTELCLEL-QHDFDVTVIAVQP--ENA-NHV----QKKRMFEYDQLE-RIRIIRLRTP gi\|9497033 TRLAGTAAEIVLAGHEVEVLTGLP--NAP-AGKIFPDYRGRFYMRDEWN-GCPVHRTWLY gi\|1591863 RMISSLAMSMAQRGMNVTVVTSREIHNHP---------GSVLPATETVR-GIHIQRLSSG gi\|7366866 IHILELLRNLKKYTD-IVL--FVP---------------GQKSVDRTLP-GIKCVPVID- gi\|2122724 VHTIELLNNLKKLGVDVLL--FSR---------------SSKNRSYKNP-NIIEVPSTHF gi\|1877782 NRIFEFAKQLKKFDHEVTILTAMP--NYP-KGEVFDGYKGKKIVKEELE-GIKIVRTSIY GOS_678020 ------------------------------------------------------------ gi\|1179276 PT-ADKRNIPKRALGFAAFCGL----SAVAA-S-IGGRL-DVAFA-MTPPLPMAATGWLA gi\|1134752 -VRGSKPGVLARLLLDGSFIVS----SLWQA-F-NGWKP-EIIFA-TTPPILISLPVSFY gi\|1866841 -I-KSKPNLLDRLLLELSFIFT----SLPQA-F-RGERP-DVMIL-TVPPLLGILPATIF gi\|1663650 -A-RPQRSLKNRILFELSFVFL----SFFQA-L-KGEKP-DLIFL-TVPGLPVCVPAALL gi\|1503835 -H-GDKNNLKQRIQKFLVISWH----FFRLAFL-HVRRN-DVVFA-VTNPAFIIFILAVL gi\|1583139 -A-TPNEGVLRKTIGHISFTLS----SVLLG-G-RLAGPADVVVV-SSPTFFPLGSAWWL gi\|1973391 -------------------------------------PS-DAVHA-QMPSLAGGVLAARL gi\|9497084 --KYERKTAARRFKTWFKYCWQ----ATRLA-F-RTKGDPKLFIV-AQPPF-LSLLGYLQ gi\|1776706 -P-LGEAGRNGRFAEAVVHALL----AIPRG-M-ATRRP-DVVVA-TVPALPVVVPGVVL gi\|1693500 LP-E-NSVVIKRIIRYLLLNIK----QYRTA-R-NLSNC-DVILA-GSTPPTQGIVAALL gi\|8585822 -S-VNRADLVQRFTQFFCYQVG----AALSG-L--TKRY-DVVLA-ANPFLMVWLPFALL gi\|1087979 -V-PKSPRGLRRLLSETSFGLR----LLF---A-RWGRP-RIVIT-VSPSLFSAALAALR gi\|1198670 -V-PKSPRGLRRLLSETSFGLR----LLF---A-RWGRP-RIVIT-VSPSLFSAALAALR gi\|1892202 -V-PKKVSTLSRIVHEASFLFS----SLLRA-L-LVKKP-DLLFI-VSPPLGLGLSAFFL gi\|1928113 -Q-VNKRSKFSRILFILSYFLL----AVIAL-L-RIKKV-DVIYTISSPPIIGGLIGAIG gi\|9497033 -A-ATGKS-LARVMNYGSFALA----SWWEA-R-RVKKP-DYVFV-ESPPLTTAWPGLRI gi\|1591863 -R-FGRHNLMRRSIDYLLFQVL----AFAWL-LRNVRAT-DTVIVCTDPPLL-SVMSSIA gi\|7366866 ----------NKYLVQPSYEFMLSFYLLY--SC-IRNRP-DVLYL-RQNSFP--FFPIFL gi\|2122724 Q--FLFSNYLNIFTYQLSLFLY----LIY--YT-IKLKP-DLFYA-RLSGSG--ASSTIV gi\|1877782 -A-TKDKSFVKRLRNYLSFTFS----SVFTG-SKYIDNQ-DVIIT-ESPPLFLGWSGYVL GOS_678020 ------------------------------------------------------------ gi\|1179276 SLA--RRCPLVLNVQDVFPDVAV-ELGLLR-N--P--AL-IRAAAALERWSYARCAAVTV gi\|1134752 GLF--SKSSVVLNIQDIVSEAAV-RVGLVNKN--S--WI-VSLAQAVEKLAYFKADKISV gi\|1866841 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