Voilà , je suis en train de reprendre ma 1er séquence (binome magorne) et j'ai un petit doute en ce
qui concerne mes domaines protéiques : lors de la recherche proteique avec interpro scan,
j'obtient les résultats suivants

GOS_673010        DB3C1AE20631D684        133        Gene3D        G3DSA:3.90.226.10        no description        12        133        0.00075        T        04-Nov-2008        NULL        NULL        
GOS_673010        DB3C1AE20631D684        133        superfamily        SSF52096        ClpP/crotonase        3        133        2.2e-12        T        04-Nov-2008        NULL        NULL        
GOS_673010        DB3C1AE20631D684        133        HMMPanther        PTHR11941        ENOYL-COA HYDRATASE-RELATED        10        94        7.3e-05        T        04-Nov-2008        NULL        NULL

N'ayant aucun domaines IP ... on nous a conseillé de ne mentionner aucun de ces domaines
Mais lorsque j'affectue le BLAST P vs nr ,l'annotation sur la séquence correspond à un des domaines :

GOS_673010        DB3C1AE20631D684        133        superfamily        SSF52096        ClpP/crotonase        3        133

c'est à dire une activité enzymatique "crotonase"
Cela correspond à une Hydratase "SSF52096" utilisant comme coenzyme l'Enoyl CoA dont acetoacetyl CoA est un inhibiteur ....
Les propriétés catalytiques des crotonase ont été comparées avec des autres enzymes agissant sur la ß oxydation des corps gras acyl-CoA.
De la meme facon , que les homologues trouvés lors du BLAST P vs NR correspondent à des mécanismes
du métabolisme des lipides.
Dois je mentionner ce domaines meme s'il n'est pas présent dans la banque interpro ?
Parce qu'il me semble tout à fait pertinent ...

Macchi Magali

Oui, puisque vous l'avez bien vu et interprété, notez-le. On vous conseille de laisser tomber les "Non Integrated", surtout pour ne pas vous faire perdre trop de temps quand il y en a des "intégrés" tout bien rangés...