Bonjour, je rencontre d'énormes difficultés à interpréter mon arbre phylogénétique, nous avons une cyanobactérie au milieu des g-protéobactéries, certaines proches des entérobactéries, et une isolée. de plus une béta est proche du groupe cyanobactérie, une autre proche d'une delta. Notre groupe d'étude= bactéries et groupe extérieur= eucaryotes. nous avons d'abord penser à un transfert latéral, mais d'après l'avis d'un professeur il se pourrait que ce soit une duplication. je n'arrives pas à analyser correctement cet arbre.
Binôme Opale

voici l'arbre en question, obtenu par la méthode NJ:


    +-----pola CFB    
                 +-5
       +---------6 +-----flavoba CFB    
       !         !
       !         +-----torquis CFB
       !  
       !        +----------magneto (protéo)  
       !     +-29  
       !     !  +-----------coxiella g-protéobactérie
       !  +-31  
       !  !  !  +--------syne_7335 cyano  
       !  !  +-33  
       !  !     !  +------------Translation_of_ORF_number_1_in    
       !  !     +-32  
       !  !        +---------------candidatus g-protéobactérie  
       !  !  
  +---28  !                             +klebsiella entérobactérie  
  !    !  !                           +-9
  !    !  !                  +-------10 +pneumo entérobactérie  
  !    !  !                  !        !  
  !    !  !                  !        +serratia entérobactérie    
  !    !  !                  !  
  !    !  !               +-21             +ana cyano  
  !    !  !               !  !      +------8
  !    !  !               !  !  +--16      +nostoc cyano    
  !    !  !               !  !  !   !  
  !    !  !               !  +-20   +---syne2 cyano    
  !    !  !               !     !  
  !    !  !               !     +----------acido b-protéobactérie    
  !    !  !               !  
  !    +-30               !                    +Streptomyces_ High CG gram +
  !       !       +------22                 +-11  
  !       !       !       !              +-12  +Streptomyces High CG gram +    
  !       !       !       !              !  !  
  !       !       !       !           +-13  +Streptomyces High CG gram +  
  !       !       !       !           !  !  
  !       !       !       !        +-14  +-Streptomyces High CG gram +  
  !       !       !       !        !  !  
  !       !       !       !  +----15  +-Streptomyces High CG gram +  
  !       !       !       !  !     !  
  !       !       !       +-19     +--Streptomyces High CG gram +  
  !       !       !          !  
  !       !       !          !  +---------flavo_gi_146300916_ref_YP_0011    
  !       !    +-26          +-17  
  !       !    !  !             +-------micro CFB
  !       !    !  !  
  !       !    !  !                       +vulgaris b-protéobactérie  
  !       !    !  !                 +-----3
  !       !    !  !        +--------4     +hildenborough b-protéobactérie  
  !       !    !  !        !        !
  !       !    !  !     +-23        +----sulfu b-protéobactérie  
  !       +---27  !     !  !  
  !            !  !  +-24  +-------------petrol b-protéobactérie    
  !            !  !  !  !  
  !            !  +-25  +--------------------------bulko d-protéobactérie  
  !            !     !  
  !            !     !     +----------coccus d-protéobactérie
  !            !     +----18  
  !            !           +--------methylo b-protéobactérie  
  !            !  
  !            +--------------------marinus cyano    
  !
  !           +drosoana euca
  !         +-1
  7---------2 +drosomelano euca  
  !         !
  !         +drosowilli euca    
  !
  +-----------drosoerecta euca  

D'abord votre arbre est difficile à lire (étiquettes non uniformes, ex g-protéobactérie ET entérobactérie, et étiquettes non alignées ensemble); ensuite avez-vous suivi les nombreuses suggestions du correcteur? Il semble y avoir dans ces commentaires bien des pistes, non?

                   +---------------------pola        (CFB)
                 +-5
       +---------6 +---------------------flavoba     (CFB)
       !         !  
       !         +------------------------torquis    (CFB)
       !  
       !        +------------------------------------magneto        (protéobactérie)
       !     +-28  
       !     !  +------------------------------------coxiella       (g-protéobactérie)
       !  +-30  
       !  !  !  +------------------------------------syne_7335      (cyano)
       !  !  +-31  
       !  !     !  +---------------------------------séquence GOS    
       !  !     +-32  
       !  !        +---------------------------------candidatus    (g-protéobactérie)
       !  !  
  +---27  !                            +-----klebsiella(entérobactérie)                  
  !    !  !                          +-9
  !    !  !                 +-------10----------------------pneumo      (entérobactérie)
  !    !  !                 !        !  
  !    !  !                 !        +----------------------serratia    (entérobactéie)
  !    !  !                 !  
  !    !  !              +-20             +----------------ana      (cyanobactérie)    
  !    !  !              !  !      +------8
  !    !  !              !  !  +--16      +----------------nostoc   (cyanobactérie)
  !    !  !              !  !  !   !  
  !    !  !              !  +-19   +-----------------------syne2    (cyanobactérie)
  !    !  !              !     !  
  !    !  !              !     +---------------------------acido    (cyanobactérie)
  !    +-29              !  
  !       !       +-----21                 +-----Streptomyces           (high CG gram+)
  !       !       !      !              +-11    
  !       !       !      !           +-12  +----Streptomyces_coelicolor (high CG gram+)
  !       !       !      !           !  !  
  !       !       !      !        +-13  +-------Streptomyces_griseus    (high CG gram+)
  !       !       !      !        !  !  
  !       !       !      !  +----14  +----Streptomyces_pristinaespiralis(high CG gram+)  
  !       !       !      !  !     !  
  !       !       !      +-18     +--------Streptomyces_sp__Mg1         (high CG gram+)
  !       !       !         !  
  !       !       !         !  +---------------------------flavo   (CFB)
  !       !    +-25         +-17  
  !       !    !  !            +---------------------------micro   (CFB)
  !       !    !  !  
  !       !    !  !                       +---------vulgaris       (d-protéobactérie)
  !       !    !  !                 +-----3
  !       !    !  !        +--------4     +-------hildenborough    (d-protéobactérie)  
  !       !    !  !        !        !
  !       !    !  !     +-22        +-----------sulfu              (d-protéobactérie)
  !       +---26  !     !  !  
  !            !  !  +-23  +--------------------petrol             (b-protéobactérie)
  !            !  !  !  !  
  !            !  +-24  +-----------------------bulko              (b-protéobactérie)
  !            !     !  
  !            !     !      +-------------------coccus             (d-protéobactérie)  
  !            !     +-----15  
  !            !            +-------------------methylo            (b-protéobactérie)
  !            !  
  !            +---------------------------------marinus           (cyanobactérie)
  !
  !           +--------drosoana        (eucaryote )
  !         +-1
  7---------2 +--------drosomelano     (eucaryote )
  !         !
  !         +----------drosowilli      (eucaryote )  
  !
  +--------------------drosoerecta     (eucaryote )


voici notre arbre plus clair

Notre difficulté réside dans le fait que nous ne savons pas comment interpreter le fait
qu'une cyano en l'occurence syne7335 (possédant un bon score de similarité ainsi qu'un bon alignement deux à deux)se retrouve parmi les g-protéobacétéries et que certaines bactéries notamment deux cyano ne se retrouvent pas regrouper parmis leur groupe d'appartenance malgrés le soin que nous avons pris pour sélectioner des cyanobactéries possédant des alignements deux à deux plus pertinents que certains.
Est ce que l'hypothèse d'un transferts horizontale et/ ou d'une duplication avec pertes de gènes pourrait expliquait les 'petites incohérences' de notre arbre?

Voilà un arbre décoré comme pour Noël:) Reste quelques décos qui jurent (entérobactérie) mais c'est vraiment plus lisible!

Sinon l'arbre est globalement plutôt cohérent vis à vis des phyla; Les deux explications (duplications et HGT) sont donc en effet plausibles, avec un faible pour les HGT car les incohérences ne sont pas systématiques. En plus je suis tombé sur une fiche d'une protéine de cette famille qui laisserait penser que les HGT pourraient être impliquées http://www.uniprot.org/uniprot/Q0EE32

Dans ce tableau on voit que d'autres ont aussi suspecté une HGT pour ce gène chez Streptococcus pneumonia:
http://www.tinet.org/~debb/HGT/spneu1.d/HGTList.html

désolée mais je n'est pas très bien compris votre message.
d'après ce que j'ai compris l'hypothèse d'une duplication de gène est correcte, et pourrait expliquer la place des différentes lignées de bactéries dans notre arbre. mais l'hypothèse d'un transfert latéral n'explique pas toutes les incohérences. j'ai regarder les documents joints au message, et toujours d'après ce que j'ai compris, Streptococcus pneumonia aurait acquis le gène codant pour la Pyridoxal-dependent decarboxylase par transfert latéral. cela pourrait donc expliquer la place de certaines séquences de notre arbre (comme syne7335, acido, petrol et bulko...) ?

A partir du moment ou ce gène est connu comme étant susceptible aux HGTs, cette hypothèse devient assez crédible pour expliquer les inconsistances de vos arbres? Et dans ce cas, je ne suis pas sûr qu'il soit nécessaire de faire appel en plus à une deuxième hypothèse en  parallèle (duplications), à moins que vous n'ayez des indices qui laissent penser que ce type d'évènement ai pû *aussi* se produire (un indice fort serait la présence en double de ce gène dans le génome d'un organisme cité dans l'arbre, et il faudrait alors mettre les deux "paralogues" dans l'arbre). Il est toujours possible que HGT *et* duplications interviennent dans l'histoire d'un même gène, mais alors que je vois des indices en soutien du HGT, quels sont ceux en faveur de la duplication?

je vous remercie pour les explications que vous m'avez donné. je vais approfondir mes recherches pour savoir si  je peux faire l'hypothèse d'une duplication de ce gène.