magorne
14 Dec 2008 17:51
Non evaluated contribution |
j' ai un petit problème d'interpretation des différents arbres que j'obtient pour ma 3eme séquence
(binome magorne) .... voilà , des problèmes sur la phylogenie .fr m'avaient empêcher de mettre la totalité
des résultats concernant les arbres ; nous avions cependant reussi en TD à construire cet arbre :
1)Phylogeny.fr ; à partir de l'alignement multiple clustalW de phylogeny.fr ;
Construction par la méthode de PhyML **avec les séquences suivantes :
GE FCB et Gext green sulfure bacteria
-----0.1----
+------------------------gi_21672903_Chlorobium
+------+
| +-----------------------gi_189347767_Chlorobium
+-----------------------------------------------+
| +----------------------------gi_189501255_Chlorobium
+--------+
| |
| +-------------------------------------gi_193214131_Chloroherpeton
|
| +----------------------------gi_89889803_Flavobacteria
| |
| | +--------gi_86143677_Flavobacterium
| +----------------+ |
| | | +---------+ +-----------------------------------------GOS_673030
| | | | +--+
| | +------+ +-------gi_163786713_Flavobacteriales
| | |
| | +--------gi_88711787_r_Flavobacteriales
| |
+-----------------------------+
| +----gi_189461335_Bacteroides
| +----+
| | +----gi_198274640_Bacteroides
| +-----+
| | | +gi_150005793_Bacteroides
| | +------+
| | +-gi_212693199_Bacteroides
+--------------------------------+
| +-----gi_153806289_Bacteroides
| |
+---+
| +---gi_167763118_Bacteroides
+--+
| +--gi_189465621_Bacteroides
+-+
+-gi_160889561_Bacteroides
où bactériodes et les flavobacteries sont des CFB et Les chloro.. correspondent aux green bacteria
La séquence apparait au centre des flavo , ce qui nous a permi d' affiner notre analyse
phylogenetique : les groupe extérieur serait les bactériodes et le GE serait les flavo ( le différentiel de scores ainsi que l'alignement , nous permet largement d'emettre cette hypothèse )
Cependant, lorsque je regarde la conctruction les arbres sous les autres protocols , j'obtient ces résultats :
2) Phylogeny.fr ; à partir de l'alignement multiple clustalW de phylogeny.fr ;
Construction par la méthode de ProtDist/DnaDist-Neighbor **avec les séquences suivantes :
GE FCB et Gext green sulfure
+-gi_189461335_{Bacteroides_copr Bacteriodes
+-10
! +-gi_198274640_{Bacteroides_pleb Bacteriodes
+-11
! ! +gi_150005793_{Bacteroides_vulg Bacteriodes
! +---9
+--------------12 +gi_212693199_{Bacteroides_dore Bacteriodes
! !
! ! +--gi_153806289_{Bacteroides_cacc Bacteriodes
! ! !
! +-13 +gi_189465621_{Bacteroides_inte Bacteriodes
! ! +-14
! +-15 +gi_160889561_{Bacteroides_unif Bacteriodes
! !
+---------8 +gi_167763118_{Bacteroides_ster Bacteriodes
! !
! ! +----gi_86143677_{Flavobacterium_sp Flavobacteria
! ! +-4
! ! +-5 +----gi_163786713_{Flavobacteriales Flavobacteria
! ! ! !
! ! +-6 +-----gi_88711787_r{Flavobacteriales Flavobacteria
! ! ! !
! +-----7 +--------------gi_89889803_{Flavobacteria_bac Flavobacteria
! !
! +--------------GOS_673030_Traduction_{116-904 Séquence
!
! +-------------gi_21672903_{Chlorobium_tepidu green sulfure bacteria
! +--1
3--------------2 +---------gi_189347767_{Chlorobium_limic green sulfure bacteria
! !
! +------------gi_189501255_Chlorobium_phaeob green sulfure bacteria
!
+------------------gi_193214131_{Chloroherpeton_t green sulfure bacteria
Ma séquence n'est pas niché reellement dans les flavo comme prévu
Mais en prenant le GE "flavo" et Gext les bacteriodes, j'obtient des résultats cohérents avec mon hypothèse de départ ... ma séquence est dans les flavo !!!
3) Phylogeny.fr ; à partir de l'alignement multiple clustalW de phylogeny.fr ;
Construction par la méthode de ProtDist/DnaDist-Neighbor avec les séquences suivantes :
GE flavobactéries et Gext bactériodes
+gi_160889561_{Bacteroides_unif Bacteriodes
!
! +gi_167763118_{Bacteroides_ster Bacteriodes
! !
! ! +--gi_153806289_{Bacteroides_cacc Bacteriodes
10-11 !
! ! ! +gi_189461335_{Bacteroides_copr Bacteriodes
! ! ! +-6
! ! ! ! +gi_198274640_{Bacteroides_pleb Bacteriodes
! +-9 +-7
! ! ! ! +gi_150005793_{Bacteroides_vulg Bacteriodes
! ! ! +--5
! ! ! +gi_212693199_{Bacteroides_dore Bacteriodes
! ! !
! +--8 +----gi_86143677_{Flavobacterium_sp Flavobacteria
! ! +-1
! ! +-2 +---gi_163786713_{Flavobacteriales Flavobacteria
! ! ! !
! ! +-3 +-----gi_88711787_r{Flavobacteriales Flavobacteria
! ! ! !
! +----------------4 +-------------GOS_673030_Traduction_{116-904 Séquence
! !
! +-----------gi_89889803_{Flavobacteria_bac Flavobacteria
!
+gi_189465621_{Bacteroides_inte Bacteriodes
De plus , vous avez certainement remarqué l'extreme similarité entre notre séquence et celles présentes
dans les différents alignments ( et pour les 2 Gext choisi dans cette analyse !!)
J' ai l'impression que l'homologie sur la quasi-totalité de cette séquence ne trouble la construction
de l'arbre sous certaines methodes car je ne pense pas que notre séquence ne soit pas une Flavo
... je voudrais connaitre votre avis sur le sujet.
Merci par avance
Macchi Magali
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Hingamp_BC08
15 Dec 2008 10:05
Game master |
Donc finalement tout va pour le mieux: par PhyML et NJ avec vos groupes étude + ext plus serrés -> arbres congruents ET ORF nichée! N'oubliez pas que ces méthodes d'inférence sont toutes faillibles, dans ce cas j'opte aussi pour un artefact du NJ avec le gr. ext Chlorobium. A noter que même dans ce dernier cas, certes si en effet non niché dans les flavos, l'ORF reste clairement très proche des flavo. |