Bonjour,

 

Avec ma binôme on a utilisé InterPRO et on est tombé sur plusieurs domaines qui s'overlapaient cf. le screen

On voulait savoir si c'était plusieurs domaines différents ou si c'était des homologues du même domaine (donc il y en a qu'un seul). Peut-on avoir plusieurs domaines différents au même endroit ? Si oui, comment ça se passe biologiquement ? Et comment le prendre en compte dans notre annotation ?

Merci beaucoup ! 

 

Bonjour,

 

Normalement il ne peut pas y avoir plus d'un domaine associé à une région spécifique d'une séquence protéique.

 

Donc si plusieurs signatures de domaines "matchent" sur la même région d'une protéine, il faut chercher à comprendre pourquoi. Il peut y avoir plusieurs explications. Par exemple :

 

1- une des signatures correspond à un domaine effectivement présent et les autres sont des faux positifs. Dans ce cas on s'attend à un match fort (cad evalue faible par exemple et/ou score élevé) entre la signature du domaine effectivement présent et la protéine étudiée. Pour les signatures correspondant aux faux positifs, on s'attend à des matchs faibles (cad evalue élevé et/ou score faible). Dans ce cas il ne faut retenir que le vrai positif et expliquer que les autres signatures sont des faux positifs.

 

2- toutes les signatures correspondent à des faux positifs. Dans ce cas, on s'attend à avoir des matchs faibles entre les signatures et la séquence étudiée alors qu'il n'y a en fait aucun domaine.

 

3- plusieurs signatures correspondent à des vrais positifs. Dans ce cas, on s'attend à avoir des matchs forts entre les signatures et la séquence étudiée. Pour autant cela ne veut pas dire qu'on a plusieurs domaines différents à sur une même région de la séquence. Les signatures peuvent correspondre à des domaines ayant été définis à des niveaux différents. Dans l'exemple ci-dessous, le domaine "Synaptotagmin-17, C2B" domain est un domaine qui appartient aux domaines C2. Donc une protéine qui contient un domaine "Synaptotagmin-17, C2B" matchera avec la signature de ce domaine, mais aussi probablement avec la signature des domaines CB2. Elle matchera aussi certainement avec des signatures de superfamille "SynGAP C2 domain, N-terminal" et "C2 domain superfamily". Dans ce cas, il faudra expliquer que toutes les signaures correspondent à des vrai positif et choisir celle qui vous paraît la plus pertinente sur la base des evalues. et/ou des scores, mais aussi sur les résultats éventuels obtenus lors de la recherche d'informations fonctionnelles dans les bases de séquences (cf section blast).

 

 

Il s'agit des trois situations les plus fréquentes, mais on ne peut pas exclure d'autres cas.

 

Essayez de vous appuyer sur ces informations pour poursuivre votre analyse. Nous pourrons également échanger de vive voix jeudi.

 

Cordialement,

 

Céline Brochier

Bonjour,

 

Normalement il ne peut pas y avoir plus d'un domaine associé à une région spécifique d'une séquence protéique.

 

Donc si plusieurs signatures de domaines "matchent" sur la même région d'une protéine, il faut chercher à comprendre pourquoi. Il peut y avoir plusieurs explications. Par exemple :

 

1- une des signatures correspond à un domaine effectivement présent et les autres sont des faux positifs. Dans ce cas on s'attend à un match fort (cad evalue faible par exemple et/ou score élevé) entre la signature du domaine effectivement présent et la protéine étudiée. Pour les signatures correspondant aux faux positifs, on s'attend à des matchs faibles (cad evalue élevé et/ou score faible). Dans ce cas il ne faut retenir que le vrai positif et expliquer que les autres signatures sont des faux positifs.

 

2- toutes les signatures correspondent à des faux positifs. Dans ce cas, on s'attend à avoir des matchs faibles entre les signatures et la séquence étudiée alors qu'il n'y a en fait aucun domaine.

 

3- plusieurs signatures correspondent à des vrais positifs. Dans ce cas, on s'attend à avoir des matchs forts entre les signatures et la séquence étudiée. Pour autant cela ne veut pas dire qu'on a plusieurs domaines différents à sur une même région de la séquence. Les signatures peuvent correspondre à des domaines ayant été définis à des niveaux différents. Dans l'exemple ci-dessous, le domaine "Synaptotagmin-17, C2B" domain est un domaine qui appartient aux domaines C2. Donc une protéine qui contient un domaine "Synaptotagmin-17, C2B" matchera avec la signature de ce domaine, mais aussi probablement avec la signature des domaines CB2. Elle matchera aussi certainement avec des signatures de superfamille "SynGAP C2 domain, N-terminal" et "C2 domain superfamily". Dans ce cas, il faudra expliquer que toutes les signaures correspondent à des vrai positif et choisir celle qui vous paraît la plus pertinente sur la base des evalues. et/ou des scores, mais aussi sur les résultats éventuels obtenus lors de la recherche d'informations fonctionnelles dans les bases de séquences (cf section blast).

 

 

Il s'agit des trois situations les plus fréquentes, mais on ne peut pas exclure d'autres cas.

 

Essayez de vous appuyer sur ces informations pour poursuivre votre analyse. Nous pourrons également échanger de vive voix jeudi.

 

Cordialement,

 

Céline Brochier