Bonjour,

Nous avons un léger problème pour savoir si notre orf est complet ou non en 5\'.
En effet, lorsque nous avons fait la recherche d\'orf avec \"any codon\", l\'orf le plus grand allait du nt 1 au nt 996 (toute la longueur de l\'orf, sans codon stop, ce qui correspond à 332 aa). On ne savait donc pas si l\'orf était complet en 5\'.

Lorsque nous avons fait l\'alignenement multiple, nous avons remarqué que l\'alignement au début de notre séquence était très mauvais : il y a énormément de délétions, seulement quelques aa qui \"colleraient\", jusqu\'au 20ème aa environ. Cependant, les séquences qui commencent avant cette zone ont parmi les meilleurs e-value.

Nous avons donc refait une recherche d\'orf en choisissant ATG comme premier codon et, dans ce cas, on obtient un résultat sur le même cadre de lecture allant du nt 97 au nt 996 (environ 300 aa) et, en refaisant l\'alignement multiple avec cette nouvelle séquence, on obtient un alignement qui est propre au début.

Nous nous demandons donc si on doit considérer cet atg comme un codon d\'initiation (ainsi notre orf serait complet en 5\'), ou comme une méthionine entrant dans la composition de la séquence codante (et, dans ce cas, si nous devons spécifier dans les résultats la démarche décrite).

merci d\'avance !

le binôme fowen

Votre situation est délicate: en effet, dans votre aln multiple on voit bien deux groupes de séquences qui diffèrent notamment par l'existence d'une longue extension N-terminale. Votre séquence étant à cheval sur cette jonction, vous ne pouvez trancher entre les deux options que si vous pouvez rapprocher votre ORF de l'un ou l'autre des deux sous groupes (par ex dans l'arbre). Si votre ORF se rapproche des versions courtes, alors choisissez le début sur la Met interne pour coller au plus près aux Met de ses homologues les plus proches. Sinon, laissez en version "longue"... Dans tous les cas discutez bien votre démarche!