Bonjour,
Comme vous avez choisi Caldilineae comme groupe d’étude et Chloroflexi non-Caldilineae comme groupe extérieur, la première version de votre tableau est bien, car à priori on n’est pas intéressé par les autres groupes que vous avez regroupés dans une seule ligne (LUCA;Bacteria)
Néanmoins, le tableau complet (version 2) n’est pas très long et éventuellement ça peut être intéressant de voir quels sont les autres groupes présents dans le tableau. De plus, si jamais il sera difficile de conclure sur base de l’arbre, éventuellement vous pouvez élargir le groupe d’étude. Dans ce cas, cette deuxième version sera nécessaire.
En résumé, je garderais le tableau sans regrouper des Bacteria non-Chloroflexi dans une ligne.
Bon travail,
Emese Meglecz