Bonjour Madame,

Je n'arrive pas à choisir mon groupe d'étude et le groupe extérieur. Je ne retrouve pas la classification principale de mon tableau sur l'arbre de Wikipédia et les différences entre les min E value sont très faible.

Merci d'avance pour votre aide,

Pauline Mahieu

Bonjour,

Attention, vous avez laissé la valeur par défaut pour le nombre maximal des hits ‘Max target sequences’ à 100. Il faut afficher les meilleurs 5000 hits.

Ceci dit, il est probable qu’avec 5000 résultats la situation ne serait pas plus simple, car les meilleurs E-valeur des différents groupes sont très similaires. Vous pouvez tenter de refaire le BLAST, mais je ne pense pas que sera possible à déterminer un groupe d’étude pour cet ORF.

Désolée,

Emese Meglecz

Bonjour Madame,

Merci pour votre réponse.

Si ce n'est pas possible de déterminer un groupe d'étude pour cet ORF, je dois refaire toutes les étapes en choisissant un autre ORF de cette séquence ?

Si oui je dois supprimer le travaille effectuer jusqu'à présent ?

Merci d'avance pour votre réponse,

Pauline Mahieu

Bonjour,

Vous avez classé seulement 2 ORF en known, dont un est difficile et l’autre n’a que 3 homologues. Ceci n’est pas assez pour faire le travail.
Vous devrez prendre une autre séquence de votre panier. Il n’est pas nécessaire d’effacer le travail que vous avez faite sur la séquence actuelle. Il suffit de soumettre à l’évaluation de la nouvelle séquence. 

Pour éviter à passer beaucoup de temps sur une séquence qui finalement n’aboutit pas, concentrez vous à faire les manips dans le vidéo Résumé des étapes ; Nouveaux outils et BDDs, en copiez les résultats bruts sans passez du temps pour faire les Tableau 1-2 et la Figure 1.

Si vous voyez que la séquence est bien, alors vous pouvez revenir sur ces étapes plus tard.

Bon courage,
Emese Meglecz

Bonsoir, 

Je n'arrive pas à savoir si avec ma séquence il vaut mieux choisir comme groupe d'étude:Candidatus Pelagibacterales (ordre : Alphaproteobacteria) qui ne compte que 13 séquences et comme Groupe extérieur: Alphaproteobacteria non Candidatus Pelagibacterales ou alors choisir un group d'étude plus large, par exemple Alphaproteobacteria et son groupe extérieur betaproteobacteria et gammaproteobacteria.

Merci d'avance pour votre aide,

Téhila

Bonsoir,

13 séquences pour le Pelagibacterales c'est acceptable. Commencez par ça, puis si jamais l’ORF ne s’intègre pas bien dans la branche de Pelagibacterales, vous pouvez prendre les alphas comme groupe d’étude.

Bon travail,
Emese Meglecz