Bonjour,

Mon arbre ne fait pas dutout sens et je n'arrive pas a comprendre pourquoi... Ma sequence n'est pas regrouper avec mon groupe d'etude et les groupes sont melangé peut importe la racine que je choisis.

Pourriez vous m'aider ?

Merci.

Bonjour,

Vous avez choisi une séquence très difficile à analyser.

Le meilleur %identité est 32%. Ça veut dire qu’il y a que des homologues très distants dans la BDD et en conséquence il est difficile à les aligner correctement. Dans l’alignement multiple, il y a énormément des gaps. Vous avez dû le constater, car apparemment vous avez dû relâcher le paramétrage de Gblocks pour pouvoir garder suffisamment de positions dans l’alignement pour la construction phylogénétique. Ceci peut être une bonne solution, dans certains cas, mais dans la vôtre, comme l’ORF est relativement courte par rapport à ces homologues, il y a relativement peu de positions retenues pour l’analyse phylogénétique qui sont couvertes par l’ORF. Ceci veut dire la position de l’ORF dans l’arbre est assez douteuse.

La détermination le groupe d’étude est assez difficile aussi. Je suppose que vous avez choisir le Cytophagia. Dans ce cas il n’y a que 3 ordres de grandeur de différence entre les meilleures Evaleurs du groupe d’étude et du groupe extérieur. C’est très peu, et pressage la mauvaise séparation des groupes.

Je suis désolée, mais je ne vois pas de moyen d’arriver au bout des analyses de cette séquence. 

Bon courage,
Emese Meglecz