Bonjour,
1) Je rencontre un probleme quant à l'enracinement de mon arbre car mon groupe d'etude Clostridia est 'encerclé' par les autres groupes (par haut et par en bas).
J'ai essayé beacoup d' enracinement différent mais impossible de trouver le bon. Comment faire? De plus, cela m'empeche de conclure mon étude car j'ai du mal a analyser mon arbre phylogenetique.
L’arbre affiché dans annotathon est toujours assez difficile à lire, car il y a beaucoup de branches internes très courtes. Pour trouver la racine plus facilement vous pouvez afficher l’arbre en format cladogramme (Display as cladogram (ignore branch lengths, in case the tree topology is difficult to see for very short branch lengths):yes, dans l’outil de manipulation de l’arbre).
J’ai utilisé votre arbre en format newick pour faire cet affichage pour mieux voir la structure de l’arbre. Malheureusement, il n’y a pas moyen de séparer le groupe d’étude et le groupe extérieur complètement, et ce qui est encore pire, l’ORF se trouve au bord de la branche qui englobe l’essentielle des séquences de groupe d’étude. Ceci rend en pratique impossible de dire si l'ORF fait partie de groupe d'étude ou pas.
Vous avez 3 options :
1. Essayez d’élargir le groupe d’étude. Ceci risque d’être compliqué, car déjà avec le groupe d’étude actuelle vous n’avez pas beaucoup de positions conservées. Comme vous avez dit, vous avez dû bricoler.
2. Gardez le groupe actuel, et faites une interprétation le plus juste possible. Discutez de problèmes rencontrés et tirez une conclusion si possible en évitant la surinterprétation de l’arbre. Le but de l’exercice, ce n’est pas nécessairement de trouver une séquence facile où vous pouvez conclure facilement sur l’ORF, mais de me montrer que vous comprenez la démarche.
3. Choisissez une autre séquence.
2) pourriez vous me dire si ma séquence était une bonne séquence à analyser par rapport a ses homologues? car j'ai du quelques fois bricoler par exemple pour la curation j'ai du être moins stricte.
Vu mes commentaires précédents, en effet ce n’est pas la meilleure séquence.
3) la fonction demandé lors de la discussion est les fonctions principales qu'on avait trouvé lors de l'analyse?
Oui. Décrivez brièvement cette fonction pour qu’on puisse comprendre à quoi sert cette protéine.
Bon travail,
Emese Meglecz