Bonjour,

Je suis arrivée à l'étape de construction de l'arbre apprès avoir choisi les séquences comme vous m'avez dit.

Mais j'obtiens un arbre où les groupes d'étude et extérieur sont mélangés.

Comment est ce que je peux faire pour enraciner l'arbre?

Merci beaucoup

Bonne journée

J'ai essayé de refaire avec blastp contre BDD nr mais j'obtiens toujours la même chose, un arbre avec les groupes mélangés.

Bonjour,

Malheureusement, les séquences de Flavobacteriales ne se séparent pas suffisamment des autres groupes, et ce n’est pas une question de placement de la racine. Apparemment les 119 positions sont assez limitées pour créer un arbre informatif, les valeurs de roobustesse sont souvent faibles aussi.

Éventuellement vous pouvez tenter d’élargir le groupe d’étude, mais je ne suis pas sûre du tout que ça soit fructueux.

Si vous êtes vraiment coincé et vous ne trouvez pas une meilleure séquence, tentez d’enraciner l’arbre en sorte qu’il y ait une branche avec l’orf et un maximum de Flavobacteriales mais sans les séquences de groupe extérieur. Par la suite, tentez d’interpréter l’arbre avec beaucoup de précautions. Tentez également expliquer le mélange entre les groupes (voir vidéos de l'envoi3).

Je suis désolée,
Emese Meglecz

ah mince d'accord

je vais essayer de voir une autre séquence alors ...

merci beaucoup!