Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Score seuil Evalue

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Score seuil Evalue
magorne
5 Dec 2008 18:33
Non evaluated contribution
Les résultats du blast nous donnent un score seuil assez atypique .
Le 1er non homologue que nous avons distingué comporte une E-value de 5.5 ...
Peut être que dans ce cas , le seuil n\'est pas definissable de la même façon que le groupe
extérieur ???
Comment puis je interpreter ce genre de résultats ???

Binome magorne
Hingamp_BC08
6 Dec 2008 11:12
Game master
Je confirme qu'il semble que des homologues soient trouvés avec des scores BLAST faibles; le premier non-homologue potentiel que j'ai trouvé est XP_002143343 avec un E-value de 4... Ceci étant, l'expérience des 4 dernière semaines montre que ce cas de figure n'est pas si atypique ça (à creuser, mais il semble que la formule de calcul du score BLAST ai changé cette année). Même s'il est élevé, un score seuil est donc définissable: par exemple 36 (pour un E-value de 4)! Toutefois, pour m'assurer de ce score, j'aurais fait un aln multiple avec l'ORF, quelques séquences fortement similaires, et quelques séquences aux alentours du seuil, histoire de valider que les séquences à ce seuil extrême soient encore clairement homologues. Je note aussi que vous n'avez inclus aucun aln 2 à 2 des BLAST?

Pour ce qui est des groupes d'étude et extérieurs, votre tax report me parait au contraire assez interprétable: score de plus de 340 contre les g-protéo, contre de l'ordre de 250 pour les autres groupes. Ce différentiel de score me parait suffisant pour laisser penser qu'en première analyse un groupe d'étude "protéo" et groupe ext "les autres bactéries" pourrait bien fonctionner?

Ce soucis vient souvent du fait que vous rechignez à utiliser en groupe extérieur des séquences avec des super scores BLAST: le groupe extérieur est constitué de séquences HOMOLOGUES, et si leur score BLAST est très convainquant, en fin de compte, vous êtes assez chanceux! Ayez une pensée pour vos collègues pour qui les scores en dehors du groupe d'étude sont tellement limite, qu'ils peinent énormément à sélectionner un groupe extérieur, scrutant longuement les alignements multiples à la recherche d'homologues incertains...