bonjour,

J'ai un doute sur le choix de ma séquence.

Personnellement je n'ai pas de doute quant à la fonction de la protéine : Chaperonne compte tenu du nombre de hits (>4900) obtenus par le Blastp.

Les e-val sont également de trés bonnes valeurs : 6,00€-81 étant la plus elevée suite au Blastp contre nr

En revanche lorsque j'ai fait l'alignement multiple avec Muscle je me suis apperçu que mon ORF ne va pas jusqu'a la fin des alignements (environs 360 Acides aminés en moins que les autres séquences)

puis-je continuer mon travail avec cet ORF? personnellement je suis convaicu de l'homologie mais aurais aimé avoir confirmation

merci 

Bonjour,

Votre observation est très bien. L’ORF semble être incomplète à Cter sur bas de l’alignement multiple.
Vous pouvez sans problème continuer avec cette séquence. Si le morceau de l’ORF que vous avez est assez long, ce n’est pas un pb s’il vous manque le début ou la fin.
Par contre,  discutez bien s’il y a contradiction ou accord entre les résultats d’ORF finder et l’alignement multiple et déterminer autant que possible le début précise de l’ORF et la longueur de la partie qui manque.

Bon travail,
Emese Meglecz

trés bien merci beaucoup.
au sujet de la discussion se sera pour la conclusion finale?

cordialement 

au sujet de la discussion se sera pour la conclusion finale?

Oui, mais decrivez bien vos observations dans les analyses de l'alingment multiple et de l'ORF finder.