Suite au blast X j'avais choisi d'annoter cette séqence car le % d'identités était de max 86% avec 2 ORF posibles

Après blast P , le meilleur hit des 2 ORF a  des % d'identités sup à 95% , est ce que je peux continuer sur cette séquence ou dois je l'abandonner?

Dans ce cas quels critères de blast x peuvent nous indiquer que le séquence pourra être étudiée ? (le temps risque de manquer pour étudier de nombreuses séquences avant de trouver celle pouvant être finalement annotée)

Merci beaucoup de vos réponses

Bonjour,

Vous pouvez utiliser une séquence si %identité de meilleur hit est plus petit ou égale à 95%.
Cette information se trouve dans la règle du jeu et avant le premier vidéo à l’AMTICE. J’ai relâché les critères depuis la création de vidéos pour que vous puissiez trouver une séquence plus facilement.

Il me semble que vous avez mélangé vos différents BLAST. J’ai refait le BLASTx et le BLASTp (en utilisant la traduction de l’ORF Traduction [1-861 sens direct]). Dans les deux cas, le meilleur hit a 99.65% identité. L’autre ORF connu a peu d’homologues et il est très court. Vous ne pouvez donc pas utiliser cette séquence.

Une astuce : Quand vous faite plusieurs BLAST en parallèle, copier-coller la séquence avec la ligne d’identification dans BLAST (par exemple >OMRGCv2f_10939200 Traduction [1-861 sens direct] .... dans votre cas). Ceci va vous aider à retrouver quel résultat BLAST correspond à quelle séquence.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,

Apres avoir effectue le blastx pour plus de 12 sequences, il se trouve que je n'en trouve aucune qui ne soit pas hypothetique ou inferieure a 95 %, y a t il un moyen de preciser ma recherche ? 

Je vous join mon tableau pour plus de precisions quant a mes resultats.

Merci pour votre aide, 

Bien cordialement, 

Bonjour,

Non, désolée. On ne peut pas savoir à priori si la séquence a des hits trop proches ou des homologues annotées. Il faut faire des BLASTx.

Bon courage,
Emese Meglecz