Bonjour, j'ai un peu de mal a choisir un groupe d'étude et les groupes exterieures avec les résultats que j'ai obtenue. Je pense que mon groupe d'étude est les proteobactéria et les groupes extérieure sont bacteriodetes, candidatus, verrucomicrobia, actinobacteria.... Est ce bien ça? je vous remercie par avance.

Apres reflexion je pense devoir prendre comme groupe d'étude alphaproteobacteria et comme groupe exterieure tout les autres proteobacteria. Est ce juste ? je vous remerci  

Bonjour Sofia,

J'ai eu ce cas la, Mme Melglecz m'a conseillé de faire la 1ere partie d'analyse avec une moitié de l'ORF, pour pouvoir mieux définir les groupes.

"Vous avez plusieurs phyla avec les meilleurs Evaleur affichées comme 0.0. En réalité les Evaleurs ne sont pas 0, mais en dessous de [e-valeur affichée], NCBI affiche 0.0. Vous pouvez essayer de faire le BLAST avec la moitié de l’ORF. Ceci rendra les alignements plus courts et augmentera des Evaleurs. Avec un peu de chance, les meilleurs Evaleurs des différents groupes vont se différencier."

Bon courage,

Marine

Bonjour Sofia,

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J'ai eu ce cas la, Mme Meglecz m'a conseillé de faire la 1ere partie d'analyse avec une moitié de l'ORF, pour pouvoir mieux définir les groupes.

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"Vous avez plusieurs phyla avec les meilleurs Evaleur affichées comme 0.0. En réalité les Evaleurs ne sont pas 0, mais en dessous de [e-valeur affichée], NCBI affiche 0.0. Vous pouvez essayer de faire le BLAST avec la moitié de l’ORF. Ceci rendra les alignements plus courts et augmentera des Evaleurs. Avec un peu de chance, les meilleurs Evaleurs des différents groupes vont se différencier."

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Bon courage,

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Marine

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Merci Marine!

C'est bien la bonne réponse :)

Merci beaucoup Marine pour ta réponse.

En ayant pris seulement une partie de l'orf voila ce que j'obtient 

Mon choix semble se confirmer en prenant bien alphaproteobacteria comme groupe d'étude et les autres proteobacteria comme groupe exterieure. Cela est il correcte ? je vous remercie. 

Taxonomy synthesis table